在国家工商行政管理总局、商务部发布的《关于外商投资企业解散注销登记管理有关问题的通知》中，对非公司制外商投资企业办理解散清算的法律适用原则，规定“应当适用《企业法人登记管理条例》、《企业法人登记管理条例实施细则》及《中外合作经营企业法实施细则》、《外资企业法实施细则》及其他有关规定”。当然，限于国务院《外国企业或者个人在中国境内设立合伙企业管理办法》是在该规范性文件发布之后的2009年11月25日才颁布，且自2010年 3月1日起施行的，故当时未就非公司制外商投资企业中合伙企业的清算制度的法律适用原则作出规定。已如前述，根据该法规第七条关于“外商投资合伙企业解散的，应当依照《合伙企业法》的规定进行清算。清算人应当自清算结束之日起15日内，依法向企业登记机关办理注销登记”的规定可知，不论内外资合伙企业，在清算制度方面是没有差异的。这也是我国目前外商投资企业分类立法中，在企业清算制度上唯一实现统一国民待遇原则的企业法规。
还应注意，在非合伙企业性质的非公司制外商投资企业适用的《企业法人登记管理条例》和《企业法人登记管理条例实施细则》有关规定时，对内资企业法人申请注销登记时要求提交的有关清算文件为“主管部门或者清算组织出具的负责清理债权债务的文件或者清理债务完结的证明”，且没有提交时间的限制规定，但对于外商投资企业则在《企业法人登记管理条例实施细则》第四十九条规定，应当在申请注销时提交有关清算文件为“清理债权债务完结的报告或者清算组织负责清理债权债务的文件”，且限制“自经营期满之日或者终止营业之日、批准证书自动失效之日、原审批机关批准终止合同之日起三个月内”，向原登记主管机关申请注销登记时提交。因为《中外合作经营企业法实施细则》、《外资企业法实施细则》的有关规定中没有对非公司制外商投资企业(不含合伙型外商投资企业)和公司制外商投资企业的清算制度作出另行规定，故上述第四部份述及的有关公司制中外合作经营企业和公司制外资企业清算的特别法律适用规定，同样适用于非公司制中外合作经营企业和非公司制外资企业。
