一、当事人双方对立情绪大，不易调解，判决后上诉率高
由于医疗事故大多造成患者死亡或伤残，患者家属情绪激动，甚至为此组织人员到医院兴师问罪，双方矛盾尖锐，极难调和。在诉讼过程中也是各执一词，都认为自己没有错，判决结果只要没达到目的便会上诉。另外调解后医院理赔率只有60%，而判决的医院可要求90%理赔，因此医院不愿调解。
二、案件审理难度大
由于医疗事故损害赔偿纠纷涉及到复杂、专业性极强的医疗知识，法官对这方面知之甚少，审理此类案件只能依据医疗事故鉴定小组出具的鉴定结论，但是当事人尤其是患方大多对医疗事故鉴定结论提出异议，且由于医疗事故鉴定小组与医方千丝万缕的关系，要使患方信服的确很难。
而且我们从审理此类案件的过程中也发现，有些鉴定结论根本经不起推敲，在鉴定已构成医疗事故，且患方自身没有过错的情况下，医方却只承担次要责任或轻微责任，那么主要责任由谁来承担?这种显而易见的逻辑错误如何能让患方信服。这样，依据事实来确定过错，分清责任的重担就落在了法官身上，加大了案件的审理难度。
三、案件类型多样化
近年来，医疗事故损害赔偿纠纷引发的原因越来越多样化，医方从接诊到诊断、手术、术后，书写病历等环节都有造成患者损害的可能，随着患者保护自己合法权益的法律意识越来越强，医方可能因任何环节的差错被患者告上法庭。案件类型的多样化也给法官提出了更高的要求，在审理不同类型的医疗事故损害赔偿纠纷案件中，法官必须查阅大量的医疗方面的书籍，了解双方诉争的焦点，引导当事人举证。
四、法律适用不统一
在审理医疗纠纷案件中，在赔偿范围和赔偿标准上存在分歧。在赔偿范围上，由于最高人民法院《关于确定民事侵权精神损害赔偿若干问题的解释》中将死亡赔偿金和残疾赔偿金的性质认定为精神抚慰金，因此有些案件在判决医方承担了死亡赔偿金或残疾赔偿金，对患方提出的精神抚慰金的请求不予支持;但由于最高人民法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》中规定残疾赔偿金和死亡赔偿金是物质损失，因此有些案件在判决医方承担残疾赔偿金或死亡赔偿金后，又判决其承担精神抚慰金;还有些案件依据《医疗事故处理条例》，没有判决死亡赔偿金，只判决了精神损害抚慰金。
在赔偿标准上，有的适用《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的标准，赔偿数额高，有的适用《医疗事故处理条例》，赔偿数额低。由于法律适用的不统一，造成事实基本相同的案件，赔偿范围、标准却差异很大，当事人质疑裁判的公正性，使法院工作陷入被动。
五、案件数量逐年上升
近年来，医疗纠纷已成为社会和公民关注的热点。由于患者一方法律意识的不断增强，及相关媒体报道引起的连锁反应，起诉到法院的医疗纠纷案件逐年上升。尤其在2002年4月1日起施行最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》中规定了"因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任"后，医疗纠纷案件上升势头更猛。
