一、对污染损害进行定性，即确定污染物损害是否由污染引起
当企业在发生环境污染事故或者排放较多的污染物之后，附近的农作物、经济作物、畜禽、水域养殖等会出现一些异常的现象。但农作物被污染物危害后产生的症状，常与病虫害、用肥过量或不足、微量元素缺乏和农药用量不当等所产生症状有相似之处；畜禽类、鱼类污染所致损害与流行性瘟疫也往往容易混淆，难以做出准确的判断。这时就应在当地环保部门的主持或指导下，会同各有关方面的专家进行周密的调查和细致的监测、综合分析，确定此次受害是否由企业排污所致。
二、对污染损害的责任进行定性，即确定污染损害的责任是否在企业
根据有关环境法律法规规定，由下列原因造成污染危害，企业不承担污染损害赔偿责任：一是完全由于不可抗拒的自然灾害，并经及时采取措施仍然不能避免造成水污染损失的，免于承担责任；二是污染损失由第三者故意或者过失所引起的，第三者应当承担责任，如施工单位在企业进行施工时，不听劝阻或在企业不知情的情况下未经处理向水体排放、倾倒放射性固体废物或油类、酸液、剧毒的废液等造成的污染危害；三是污染损失由受害者自身的责任所引起的，如由于附近居民在应该知道污水危害的情况下，将污水引入农田进行灌溉，或擅自使用工业废渣，或故意将污水引入养殖水域，这类情况下造成的污染危害损失，企业不承担污染责任，可以不进行赔偿。
在碰到污染损害赔偿事件时，当事企业必须拿出确凿的证据，环保部门必须掌握必要的监测数据。如果企业无法提供确凿的证据以证明其无环境污染责任，企业就应按照自己应负的责任承担环境损害赔偿。
三、对污染损害进行定量，即对污染损害赔偿数额进行合理确定
污染危害一旦确定是因企业排放污染物造成的或企业应负有责任，企业必须承担污染损害赔偿责任。污染损害赔偿的具体数额大体包括以下几项：由于企业污染物的排放造成他人的直接经济损失或间接的经济损失；受害者为恢复生产或为减少污染损害所支付的费用；受害者为消除污染危害所实际需要的费用。
赔偿采用的方式一般有两种：一是常年性赔偿的方式，即根据企业造成的环境污染当年或更长时间对受害者造成的影响，实事求是地确定一个受损数额，在排污量不发生大的变化的情况下，每年向受害者支付这一确定数额；二是即损即赔的方式，即污染一次就赔偿一次。这种方式比较常用，但对于排污不稳定、经常造成污染损害的企业，必须拿出很大的精力来解决这个问题。
在进行赔偿时，应在环保部门的组织下，会同有关部门、当事各方对污染受害面积、受害作物及受害畜禽、鱼类的数量和受害程度，以及他们在近年的平均产量或近年平均效益进行实地勘查，在实际调查分析的基础上，实事求是地确定污染物损害所造成的实际损失，然后计算出应赔偿的基本数额，再综合考虑受害者为消除污染、减轻危害所需要的各项费用数额，初步确定出污染损害赔偿数额，最后在环保部门的主持下，经过双方协商达成赔偿协议。
