所谓职务侵权，是指在代表国家行使权力过程中侵害公民、法人或者其他组织的合法权益的行为。只有以国家的名义，行使国家权力的行为，才为执行职务的行为;只有在执行职务中发生的侵权行为，才为职务侵权行为。由于职务侵权是在行使国家权力中发生的侵权行为，行为人与受害的公民、法人或者其他组织并非处于平等的法律地位，因而它不同于一般侵权行为，属于一种特殊侵权行为。职务侵权犯罪的查处存在以下弊端：
(一)案件查处阻力重重
由于职务侵权犯罪的主体是国家机关工作人员，对象特殊，且又是在执行公务过程中发生的行为，容易与“工作失误”相混淆，并引起各方面的同情，故查处案件往往困难重重。
案件受理渠道不畅。由于此类案件主体多是掌握一定权力的司法人员和老百姓的“父母官”，当事人遇到这类问题往往“怕”字当头，忍气吞声，举报热情不高。加之宣传力度不够，有的群众事发后不知道应到哪个机关举报，有的被害人到其他机关上访、控告，几经周折才转到检察机关，造成案件失泄密，证据流失，可查性减弱。
办案干扰多，阻力大。职务侵权犯罪往往都是在“工作中”实施的，很容易与“工作失误”相混淆，特别是在多人共同实施的非法拘禁犯罪案件中，一些领导干部也直接决策了拘禁他人的犯罪活动，而上级领导往往以“为了工作、动机是好的、要保护干部的积极性”为由，对办案横加指责，百般阻挠。加之行为人苦心经营、刻意编织的关系网、“保护伞”往往与之利害攸关，一旦案发，包庇掩护者有之，干扰阻碍者有之，说情请托者有之，大大增加了查处的难度。
犯罪行为专业性强，犯罪主体反侦查能力强，导致案件查处难。此类案件的犯罪嫌疑人往往位高权重，阅历丰富，关系网复杂，他们有的深谙相关法律和政策，有的具有一定的反侦查能力，有的在实施犯罪前就已对行为后果深思熟虑，甚至还未实施犯罪就已筹划好犯罪后的退路，因此作案手段隐蔽诡秘，侦查机关难以发现和认定。
(二)打击迟滞，处罚偏轻
“职务侵权犯罪发现难，即使发现了，也侦破不了，也惩罚不了;即使惩罚了，也都从宽处理了。”这是不少犯罪嫌疑人共有的侥幸心理。一般的职务侵权犯罪案件，从立案侦查到侦结、起诉，直到法院审结，一个完整程序走下来，当年结案率不足50%。
其主要原因是：不少犯罪嫌疑人每天都在同违法犯罪打交道，有的本身就是侦查人员，其反侦查活动具有较强的针对性。加上涉案当事人、知情人的恐惧心理和老好人心理，以及一些发案单位对检察机关的消极抵触情绪，给案件的侦破和证据的收集带来了极大的困难，案件往往难以在短时间内侦查终结，而等到判决时，往往已时过境迁，起不到应有的警示作用。
尤为突出的是，在此类的案件的处理上，一些地方还普遍存在着“立案一阵风，处理宽松”的现象，强调教育挽救的多，作不诉处理的多，适用缓刑、免刑的多，处理手段偏轻，打击不力。正是由于犯罪所获取的利益与应受惩处风险之间存在着巨大的反差，严厉刑罚的震慑力往往被法网疏漏的侥幸心理所抵销。
