一、由于司法鉴定机构一般是不接受及其家属的单方委托的，而在司法实践中很少有医疗机构与患者协商一致，共同委托司法机构进行鉴定的。所以，在通常情况下，更多的是看到由法院委托司法鉴定的情况。
二、如果是法院委托鉴定的，仍然是按照就近原则，如果本地司法鉴定机构有能力进行临床司法鉴定的，应当委托其进行鉴定；如果本地没有司法鉴定的能力需要委托外地的双方鉴定机构鉴定的，经法官同意，才可以委托外地鉴定机构鉴定。
三、在我们代理的医疗纠纷案件中，关于鉴定最常遇到的是两个问题。
１、当地的鉴定机构水平有限，希望直接委托北京、上海、广州等等大型城市的鉴定机构。
就目前我国司法鉴定机构的情况看，通常情况下，在一个省、自治区、直辖市的范围内，都有相应的鉴定机构，也具备一般医疗纠纷的司法鉴定能力。所以，在诉讼之初就提出到大城市做司法鉴定的往往不会被接受。异地鉴定（同省不同市）被接受已经很不容易了。一下子要求到遥远的北京、上海去鉴定恐怕是不太现实的。
２、当地的鉴定机构，受到医疗纠纷对方医疗机构的影响，不能够做出“公正”的鉴定结果。
３、由于我国医疗体制的问题，往往在一个地方，只有一家最大、最好的医疗机构，该医疗机构的对其他相关机构的影响都是不同程度的存在的。越是在边远地区、越是在经济不发达地区，这种现象更为严重。因此，就本地的司法鉴定机构的鉴定，往往患者及其家属存在比较多的顾虑。
四、由于我国法规中没有规定“异地鉴定”的规则，而是以“本地鉴定”为原则，因此，地方上的“司法腐败”、“猫鼠同乐”的情况是现实存在的。但是，即便是这样，由于在诉讼程序中，司法鉴定的委托是由法官指定的，因此，在本地鉴定的情况还是占绝大多数的。从我国法规的设计上看，这是存在问题的，立法机构为维护法律程序是“客观、公正性”应当在程序设计上考虑到现实情况的存在，也应当给医疗纠纷当事人更多的自由选择权。在法律程序的设计上“消除”当事人的疑虑。用“透明”“完全可见”的方式，分清是非、区分责任。避免“暗箱操作”和司法腐败。
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