新修改的《专利法》第六十条规定了侵权损害赔偿数额的计算方法： 一、按照权利人损失或者侵权人获利计算，该两项难以确定的，则参照专利许可使用费的倍数合理确定赔偿数额。 该条规定除了与专利审判实践中经常采用的赔偿额计算方法基本一致外，又增加了参照专利许可使用新修改的《专利法》第六十条规定了侵权损害赔偿数额的计算方法：
一、按照权利人损失或者侵权人获利计算，该两项难以确定的，则参照专利许可使用费的倍数合理确定赔偿数额。
该条规定除了与专利审判实践中经常采用的赔偿额计算方法基本一致外，又增加了参照专利许可使用费倍数的新规定，而且没有将实践中经常采用的定额赔偿方法规定进去。人民法院可以根据权利人的请求，按照权利人损失或者侵权人获利计算赔偿数额。人民法院不宜依职权自行确定计算赔偿额的方法。
权利人损失一般可以通过专利产品销售量减少的数量乘以每件专利产品的利润计算得到。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。这样规定是因为，原告往往难以举证证明其专利产品销售量因被告侵权而减少的数量，虽然证明侵权产品的销售量相对容易，但侵权产品的销售价格又远远低于专利产品的正常价格，如果将被告获利确定为赔偿额，不能弥补权利人的实际损失。
事实上，这种变通的计算赔偿额的办法早已在审判实践中为许多法院所采用，司法实践结果表明其符合大多数案件的实际情况，既切实保护了原告的合法权益，对被告也不失公平。
二、该规定第二十一条对专利法第六十条专利许可使用费的“倍数”进行了解释，并对定额赔偿的适用予以明确规定。
该条规定在上述两种计算方法均难以确定的情况下，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费数额以及该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该许可使用费的1至3倍确定赔偿数额。其中“有专利许可使用可以参照”是指原告能够提供在相同行业或技术领域中同类相关专利的许可使用费情况的证据，并不必须是原告在诉讼前就涉案专利与他人签订专利许可合同中的许可使用费。
关于倍数问题，有一种观点认为，许可使用费一般是正常利润的50-60%，按照民事赔偿的填平原则，1倍的许可使用费并不足以赔偿权利人的损失，以1.5-2倍确定权利人的实际损失较为合理。由于专利法刚刚开始实施，该问题还有待司法实践的进一步探索和总结。
三、第二十一条还规定，没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。
根据该规定，在原告未提供专利许可使用费的有关证据，或者其提供的许可使用费与涉案专利明显没有可类比性时，则可以适用定额赔偿的规定。定额赔偿方法的适用是在前述三种方法均无法确定赔偿数额的情况下才考虑适用的，是在被告的侵权事实清楚，但原告不能举证证明其实际损失或者被告侵权获利，也不能提供可以参照的许可使用费的情况下，责令被告给予原告的一定经济赔偿。
四、此外，为了贯彻对知识产权侵权损害的全面赔偿原则，第二十二条规定，人民法院根据权利人的请求以及具体案情，可以将权利人因调查、制止侵权所支付的合理费用计算在赔偿数额范围之内。
