在承包人起诉发包人索要工程款的建工案件中，发包人往往会以超过诉讼时效作为抗辩观点进行反驳，那么承包人的工程款债权其实也属于一种普通债权，适用的是二年的诉讼时效，即自承包人知道或者应当知道权利被侵害之日起二年，但是对于工程款债权诉讼时效的起算时间，在实践中却有很大争议，具体分析如下：

一、达成结算协议后，工程款数额确定的，如何计算诉讼时效
在发包人与承包人已经达成结算协议，并确定了工程款数额的，一般都会根据协议中约定的给付时间计算诉讼时效，对于未约定付款期限未约定或者约定不明的，如何计算诉讼时效，在理论上有两种观点：
1、自工程款结算的次日开始计算诉讼时效。因为工程经过结算，双方的债权债务关系已经明确，承包人仍怠于行使自己的权利超过二年的，应丧失胜诉权。
2、既然未约定付款的具体期限，依照交易习惯也无法确定具体的付款时间，那么承包人的债权也就未受到侵害，故应从发包人拒绝支付工程款的次日开始计算诉讼时效。
以上两种观点都有一定的道理，诉讼时效的启动是以权利被侵害的事实发生为前提，在未约定履行期限的债务中，债务存在的事实毋庸置疑，但债权人的权利是否收到侵害，并不能通过债务存在本身进行确认。发包人和承包人之间只是对工程款数额进行确定，但不能确认的是承包人的权利已经收到侵害。根据《合同法》第61、62条的规定，对于当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充，不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。当事人就有关合同内容约定不明确，依照第61条的规定仍不能确定的，如对于履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时要求履行。最高院《诉讼时效规定》第6条：“未约定履行期限的合同，依照合同法第六十一条、第六十二条的规定，可以确定履行期限的，诉讼时效期间从履行期限届满之日起计算；不能确定履行期限的，诉讼时效期间从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算，但债务人在债权人第一次向其主张权利之时明确表示不履行义务的，诉讼时效期间从债务人明确表示不履行义务之日起计算。”因此，发包人与承包人就工程款已经达成结算，但未约定付款时间和约定不明的，如承包人在催讨工程款时未给发包人宽限期的，从承包人第一次催讨欠款的次日开始计算诉讼时效；如发包人在承包人主张权利时明确拒绝履行的，应从其拒绝履行的次日开始计算诉讼时效；如承包人未主张过权利，发包人也未拒绝履行债务，诉讼时效则不存在起算的问题，但要受20年最长权利保护期间的限制。    
二、双方未达成结算协议，数额未确定，如何计算诉讼时效
在实践中，大多约定的付款期限有两种，一种为工程竣工验收合格后付款；另一种为发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程款的，承包人可以主张利息。前一种以工程竣工验收合格之日作为起算点是不合理的，因为工程竣工验收时双方尚未进行结算，工程款数额也未确定，那么简单的以竣工验收合格之日起算诉讼时效明显不符合实际情况。而第二种以发包人收到竣工结算文件之日起第29天开始计算也难说是合理的，因为实践中承包人大多会虚高结算金额，发包人在提出质疑后很可能会要求重新结算，那么实际的结算周期往往会被拉长，28天的审核期限很显然不能完成全部结算工作。目前在司法实践领域，大多法院会采取在双方确定工程款数额后开始起算诉讼时效或者是给一定的合理期限。

综上，双方在合同中对付款期限没有约定或者约定不明的，且双方对工程款结算又没有达成一致的，那么诉讼时效期间的计算应当以工程款确定之日起开始，如果是通过法院委托鉴定的方式确定的工程款，可以自鉴定意见确定之日计算诉讼时效。