对于超过了诉讼时效的债务如何处理，我国并没有规定。理论上讲，过了诉讼时效的债务就是自然之债，也就是说债务并不因诉讼时效过期而消灭，但不受法律的强制保护，若债务人愿意偿还，或是不知道过了诉讼时效而偿还了债务，也不能以过了诉讼时效而要求返还。对于已过了诉讼时效的债务，若起诉到法院，法院还是会受理，但若没有诉讼时效延长或是中断的情形，法院会判决驳回起诉请求，即不会判决债权人胜诉。
下面介绍两种补救的办法。

办法一：要求借款人在催款通知书上签字或盖章。
    按照最高人民法院法释[1999年第7号]《关于超过诉讼时效期间借款人在催款通知单上签字或者盖章的法律效力问题的批复》规定，在贷款债权超过诉讼时效期间后，借款又在催款通知单上签字或者盖章的，视为对旧债务的重新确认。因此，该债权应当得到保护。此一规定对于已超过诉讼时效期间的债权的补救提供了最好的办法。



办法二：签订还款协议。
    按照最高人民法院1997年4月16日《关于超过诉讼时效期间当事人达成的还款协议是否应当受法律保护问题的批复》之规定，超过诉讼时效当事人达成还款协议的，应当依法予以保护。签订还款协议表示债权债务人对原债权债务进行了调整，同时既然是还款协议，当然表示对债权债务的确认无疑。从而，改变了原有的法律关系，在当事人之间形成了新的债权，其诉讼时效当然就独立计算。


办法三：行使抵销权
抵销就是对于互负债务的情况下，可以用一个已过了诉讼时效的债务去抵销对方尚没有过诉讼时效的债务。
条件就是双方要互负债务，也就是你欠我的钱，我也欠你的钱，一个过了诉讼时效，一个没有过诉讼时效，那么就可以用已过诉讼时效的债务抵销没过诉讼时效的债务。
我代理过一个开发商的案件，业主告开发商违约，延期交房，按合同的约定一天就是万分之五的违约金，业主将开发商告到了法院。其实呢，开发商所交的房屋面积多于合同的约定的面积，按照合同的约定，应由业主补交多出面积部分的房款，但是开发商并没有在两年内主张自己的权益，即没有在两年内要求业主加钱。我代理后提出了反诉，业主要求我方支付延期交房的违约金，我方要求业主支付多出的房款，法院判决也认定我方已过诉讼时效，但是允许用这个债务来抵销我方违约金，避免了房地产公司一大笔损失。

办法四：补充证据
有某些情况下，明显已过了诉讼时效，如借钱，给你出个欠条，欠你50万，在某年某月某日还你，但过了这个时限，就是不还，你一直找他要钱，这样你一要就是两三年，等到你起诉时，已过了诉讼时效，你说我一直在找你要啊，我不是没有主张的权利，怎么过了诉讼时效呢？但法庭是讲证据的，你说你一直找人家要，人家不承认 ，你若没有证据证明你一直在找人家要，对方又否认的情况下，这就是过了诉讼时效。
对这样的情况，就应考虑用其它的方法来收集证据。 如在已过诉讼时效的情况下，你可以给对方打个电话，进行录音，这时对方一般不会否认，这时你可以要求对方承诺一个还款期限，这样若起诉时就将此证据提交给法庭，这样就视为对方自愿还款，法院会判决对方还钱的。