一、两者产生的原因不同
停工留薪期是因为职工遭受工伤或患职业病而引起；病假（也称为“医疗期”）则是因为职工患病或非因工负伤而引起。为此，规范两者的法律规定也有所不同，停工留薪期主要是由《工伤保险条例》第３１条所规范；而病假主要由《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》所规范。
二、两者的待遇不同
在停工留薪期内，职工的工资待遇保持不变。也就是说，职工上班时拿多少工资，其在停工留薪期内还是拿多少工资，不得减少。但在病假期间，职工的病假工资就不是保持不变了；一般来说，病假工资是根据职工休病假的长短、职工在本单位的工作年限，按本人上班时所得工资的一定比例发放的。（具体计算方法可参见：《医疗期系列解读之二：病假工资的计算》、《医疗期系列解读之五：上海市关于医疗期计算及病假工资的特别规定》）
三、两者的计算方法不同
停工留薪期从职工发生工伤事故进行医疗时开始，至职工治愈（或被评定伤残等级）时结束。停工留薪期的总长度一般不超过１２个月，伤情严重或情况特殊的，可以适当延长，但延长不得超过１２个月。
病假的计算也有一套法定的方法，其基本原理是：与工龄挂钩，累计计算，从病休第一天起