合同保密条款补偿金数额没有明确规定，以约定为准，但基本原则应该是不低于当地最低标准。
保密协议通常指协议当事人之间就一方告知另一方的书面或口头的信息（即保密信息）约定不得向任何第三方披露该等信息的协议。如果负有保密义务的当事人违反协议约定将保密信息披露给第三方，给另一方当事人造成损失的，负有保密义务的违约当事人将承担民事上的赔偿责任。
1、明确保密信息范围。用人单位在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来，最好通过列举的方式列明所有需要保密内容，否则很容易因约定不明引发诉讼纠纷。不同的企业和同一企业的不同时期，保密范围、内容也有所变化，用人单位应及时修改保密协议内容。
2、明确保密主体。商业秘密的保密主体一般仅限于涉密岗位的劳动者，对于保密岗位和技术岗位，要求其不得披露、赠与、转让、销毁或者协助第三人侵犯公司的商业秘密。除上述涉密岗位以外，不必然承担保密义务的劳动者在工作中有意或无意获悉公司秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任。此外，那些掌握了商业秘密的劳动者家属、朋友，对保守商业秘密也应该负有同等义务。
3、约定保密期限。保密协议中应明确约定保密期限，虽然法律规定劳动者保守秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间，以免引起不必要的纠纷。
4、明确双方的权利、义务。在保密协议中应明确约定如何使用商业秘密、涉及商业秘密的职务成果的归属、涉密文件的保存与销毁方式等内容，有特殊条款的还应以列举方式进行约定。
根据《劳动合同法》 的规定，保密协议中不得直接设定违约金，若约定违约金存在被认定为无效的风险。但这并不意味着保密协议中不可约定违约责任，保密协议中可约定违反保密义务的赔偿内容以及计算赔偿数额的方式。
商业秘密违约金对应的是商业秘密侵权所导致的损失，对商业秘密违约金的约定可以采用两种方式：一是采用惩罚性违约金约定，可以按照略高于预期损失的方式确定违约金的具体数额；二是约定因商业秘密违约产生的损失赔偿的计算方式，如因客户信息的泄露造成销售额度的减少，可以销售额的减少数额作为违约金的计算方式。
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