由于竞业禁止协议是以牺牲雇员的部分生存权和择业自由权为代价的一种对劳动者和用人单位利益的调整方式，劳动者因不能从事自己擅长专业或所熟练的工作，收入或生活质量会不同程度降低;而用人单位会因为劳动者未参加该行业的劳动或竞争，可能现实地或潜在地从中获取相应的商业利益。从公平角度出发，用人单位应当给予劳动者合理补偿，以适当弥补劳动者由于不能从事合同约定的工作所造成的损失，这也成为离职竞业禁止协议生效的基本要件之一。
对于劳动者应得的合理补偿的数额，应视具体情况而定。如果公司属北京市中关村科技园内的企业，则应适用北京市《中关村科技园条例》第44条的规定，即：“企业应当依照竞业限制合同的约定，向负有竞业限制义务的劳动者按年度支付一定的补偿费，补偿数额不得少于该劳动者在企业最后一年年收入的二分之一”;如公司属于深圳经济特区的企业，应适用《深圳经济特区企业技术秘密保护条例》第17条规定：竞业禁止协议约定的补偿费按年计算不得少于该劳动者离开企业前最后一个年度从该企业获得的报酬总额的2/3。竞业禁止协议没有约定补偿费的，补偿费按照前款规定的最低标准计算。另外，珠海有关条例规定：企业与劳动者约定竞争限制的，在竞争限制期间应当按照约定向劳动者支付补偿费;没有约定的，年补偿费不得低于该劳动者离职前一年从该企业获得的年报酬的1/2。
