企业在针对员工违纪行为进行操作的时候，应该注意以下一些问题。
首先，企业制定的规章制度应该合法合理，因为明显不合法或者显失公平的条款,可能被裁请认定无效。
所谓企业规章制度，是指由企业有权部门制定的以书面形式表达的并以一定方式公示的非针对个别事务的处理的规范总称。企业规章制度是由企业自己制订的，但又能够像法律一样约束企业内的所有员工，因此法律不得不对企业规章制度的有效性做出限制，并不是说企业规章制度一制订出来就是有效的。
由于法律并未对规章制度生效要件做出直接的明文规定，专家们根据现行法律规定及其体现的法律精神以及基本法理，归纳出用人单位规章制度必须符合以下条件：
规章制度必须合法
规章制度不得违反劳动合同和集体合同的约定
规章制度不得违反公序良俗
向劳动者公示
第二，对于“严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的,用人单位可以解除劳动合同”中所谓的严重应该详细确定。
《劳动法》第25条规定：“劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：(一)……;(二)严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的;……”根据这一规定，劳动者有上述情形之一的，用人单位无须以任何形式提前通知劳动者，即可以随时通知劳动者解除劳动合同。“严重”一词，一般来说是根据公司的制度，公司在制度里可以规定“严重”的程度，当然，如果还没有这么详细的规定，公司可以量情处理。
对于程度的细分，虽然《企业职工奖惩条例》已经废止，但是里的规定可以作为参考。虽然这些规定都是在计划经济时针对国有企业的情况制定的，不过仍有一定的参考价值。另一方面，也可以参考同类企业的做法来掌握“严重”的程度。
在实际操作中，用人单位因为员工严重违纪将其解雇也需要注意一些细节。
用人单位解除劳动合同与劳动者的切身利益密切相关，为了保护作为弱势群体的劳动者的合法权益不受侵犯，法律对用人单位解除劳动合同的实体要件和程序要件都作了明确规定，这就要求用人单位解除劳动合同时必须要兼顾这二方面要件，缺一不可。如果仅仅重实体、轻程序，则会导致用人单位虽然实体上依据充分，但由于程序违法而不得不承受不利的后果。根据有关规定“用人单位单方面解除劳动合同时，应当依工会法的规定，事先将解除理由通知工会或职工代表。未经上述程序，用人单位单方解除的行为无效”，意即如果用人单位单方面解除劳动合同的实体要件充分，但未事先将解除理由通知工会或职工代表，则用人单位解除劳动合同的行为无效，将被劳动仲裁机关或人民法院撤销。
因此，即使员工严重违犯公司的劳动纪律及规章制度，公司要将其解雇也要符合上述程序要件，否则将导致解除劳动合同的行为无效，法院也会不支持公司的决定。
最后我们总结，用人单位处理员工违纪问题时应该注意：
一、要了解、熟悉国家的法律规定
企业必须依照法律规定的程序对处分违纪员工，否则，将会因处理程序违法，而被认定处理结果无效。
二、要签订好集体合同和劳动合同
集体合同与劳动合同是约束劳动关系双方的重要文件，也是企业依法对违纪员工进行处理的依据，合同签订的好，处理违纪员工时就会得心应手;合同签订的不好，企业将无法对违纪员工进行处理。
三、要制定好企业内部规章制度
根据原劳动部和最高人民法院的规定，企业内部规章制度可以做为解决劳动纠纷的依据。因此，制定好内部规章制度，是依法处理违纪员工的前提。
四、要尽是采取简便易行的处理方式
五、要重证据，重调查研究
对违纪员工的处理，首先应收集和保存好相关的证据。
六、既要依据实体性规定，也要依据程序性规定处理违纪员工
七、缺乏依据时，尽量采取协商解除合同方式
在协商解除劳动合同时，如果是企业提出的，应向劳动者支付经济补偿金。
