审计行政复议与审计行政诉讼的法律关系表现为三方性，即发生审计行政争议的审计机关和审计具体行政行为相对人一方，再加上作为裁决者的复议机关或人民法院为第三者。裁决者依照事实和法律作出公正的处理。由此，首先要求审计复议机关必须设置保障作出复议决定公正性的各项程序。这是审计行政复议的司法性所决定的。另外审计行政复议又是上级审计机关对下级审计机关审计具体行政行为的行政监督，是层级监督的一种形式，具有严格的行政性。由于审计复议的司法性和行政性，就使审计行政复议活动不仅在复议范围、内容等方面大于审计行政诉讼的审查范围和审查内容。且审计行政复议活动专业性较强，由本行业自行解决，便于有效、及时地解决问题。但审计行政复议毕竟是在原来审计行政机关审计结论和决定的基础之上进行，在认定事实、适用法律上可能出现偏倚，至少会使某些审计行政相对人在心理上有某些疑虑。而审计行政诉讼通过人民法院解决审计行政争议方面有一套严格的保证其公正、正确进行裁判活动的司法程序，远较审计行政复议程序更为完善，且法院毕竟在行政机关以外，从而保证人民法院更能依法、公正的判决.同时人民法院还可以通过处理审计行政争议来监督审计行政机关依法审计情况。与审计行政复议的内部行政监督相比，则属于外部的司法监督。
审计行政复议与审计行政诉讼的区别归纳起来，主要有以下几点：一是处理审计行政争议的机关不同，审计行政复议由审计机关进行，审计行政诉讼由人民法院进行;二是适用的法律程序不同，审计行政复议所适用的是行政复议和审计行政法规规定的程序，而审计行政诉讼适用的是行政诉讼法司法程序;三是审计行政复议与审计行政诉讼所处的阶段不同，审计行政复议比较审计行政诉讼而言，属于先行行政行为。审计行政诉讼则是在审计行政复议基础上进行的。四是审查的范围不同，审计行政复议的特性决定其审查的范围和内容较审计行政诉讼所审查的要广泛、全面。审计行政复议机关如果认为原审计结论和决定不当，可以变更。而审计行政诉讼则不同，结果一般不能变更该项行为，原则上只能维持或撤销被诉的审计具体行政行为。
