(一)缺乏专门的政府环境审计计划管理部门
张龙平(2006)研究认为我国没有专门设置计划管理部门，难以发挥主导“龙头”作用。一直以来，我国审计项目计划都是由各业务部门提出立项建议，办公厅或办公室简单汇总后，审计机关领导审定下达。各业务部门集计划管理与具体实施于一身，根本不能保证时间充裕地提出科学合理的立项计划。
从宏观上看，无论是审计部门还是环保部门，它们都是环境管理的重要组成部分，而且在环境审计中起着重要的作用。尽管现行的《审计法》赋予审计机关具有审查环境管理的权利，但其中的表述过于含糊，很容易造成审计职责与环保部门职责之间的混淆不清。另外，在我国，由于审计机关和环保部门是在同级政府的统一领导之下，因此在开展环境审计工作时容易形成交叉，这样不仅不利于环境审计计划的制定，而且互相推诿，很难充分利用资源，更谈不上实行科学的计划管理。
(二)政府环境审计计划编制的不科学
政府环境审计计划编制的不科学主要体现在以下几个方面：
1.政府环境审计计划编制前调查不够
政府环境审计计划的前期调查对于制定科学的政府环境审计计划至关重要。科学地确定政府环境审计目标、范围和重点是保证政府环境审计机关履行职责，提高政府环境审计质量和效果的前提。政府环境审计计划管理始于政府环境审计计划编制，而具有前瞻性和指向性的政府环境审计计划必须以充分调查研究为基础，建立在实事求是、从实际出发的基础之上，足见调查对政府环境审计计划编制的重要性。
2.政府环境审计计划编制的方法和手段比较落后
当今经济发展的理论和实践证明，非线性化和动态化是计划方式不可回避的问题，相比较而言，动态化具有更加重要的现实意义，不仅体现在政府短期环境审计计划的波动上，更体现在政府中长期环境审计计划的发展趋势上。在政府环境审计实际过程中，由于政府环境审计计划在不同时期、不同地域的目标和主要任务有所差别，因此在制定政府环境审计计划时，还必须结合不同时期的具体情况，比较历年的政府环境审计计划的特点和优势，才能有效地提高政府环境审计计划编制的科学性。
(三)政府环境审计中长期计划，协调性和稳定性不够
编制政府环境审计中长期计划，是促进政府环境审计事业发展的重要手段，没有长期的计划，就等于没有长远的发展方向，工作就会随意或盲目;有了长期计划，可以明确发展方向，提高政府环境审计工作的预见性，合理地安排各个阶段的重大任务，保持良好的工作环境，促使审计事业沿着正确的轨道健康地发展。
(四)缺乏健全的政府环境审计计划考核制度
一个科学的政府环境审计计划，必须通过有效的执行才能实现计划目标，而对计划执行状况的检查，可以掌握各地方、各单位执行计划的实际情况，促进计划的贯彻落实，既可以及时发现计划与现实的差异问题，从而及时地修改或调整计划;还可以及时地总结经验教训，充分地发挥计划管理的作用。
