(一)与常规审计相比，经济责任审计的风险更大
由于经济责任审计的结果将作为企业领导人员考核、提拨任用的依据，因此一旦审计人员发表了不当、失真或有失公允的审计结论，就会直接影响到企业内部干部队伍管理的公正、公平和有效性，甚至可能造成不可估量的损失。
根据《内部审计准则》第二章第八条规定：内部审计机构和人员应保持独立性和客观性。但在现有的企业管理机制下，很难保证内部审计机构的独立性。机制不同，审计报告的质量就可能不一样，审计机构是属于完全派驻制的，则能完全独立于被审计单位(部门)，能够发表客观、公正的审计意见和建议;如属于内设机构，则要受到企业内部上级、同级部门的影响，从而很难保证审计结论的客观公正性。
(三)企业内部人力资源管理机制不完善全给经济责任审计带来不一样的风险
审计人员也是企业的一名员工，也会在各部门之间进行工作流动，审计人员在审计过程中或多或少会考虑被审计对象今后有可能对审计人员的职业发展产生的影响，这些都会对审计人员能否发表客观公正的审计结论产生一定的影响。
(四)企业负责人对内部审计的重视程度不同，审计风险就不同
既然是企业内部经济责任审计，则肯定是要按照内部审计机构制定的审计计划或者根据单位领导的临时性安排去开展工作，编制的审计计划能否得到单位领导的认可或者支持，能否得到被审计单位以及其他相关部门的积极配合，能否保证审计工作能够顺利开展，这一切皆与企业领导能否给予积极主动地支持是分不开的。
(五)审计人员的业务技能不足，导致审计风险增大
随着被审计单位信息化应用水平不断提升，管理更趋于精细化、扁平化，这就要求我们审计人员要能够及时适应这一形势发展的需要，不断加强学习，提升自己的专业素质和业务技能，从而降低在审计过程中的审计风险。
