(一)、系统评价风险。内部审计的程序一般是审计人员根据和部门运用既定的方法和程序，对单位内部的财务收支状况、经营管理的有效性以及内部控制制度的完整性进行客观公正的评价。因而在整个过程中都存在着一定的风险。尤其是近些年，我国企业的管理模式趋向于扁平化发展，也就是管理幅度更大，而管理层次更少。在这样的模式中，要想更好的了解公司的内部经营情况则变得更加困难，这也就会直接影响到审计人员做出的评价。同时，由于审计人员在时间、精力等方面的有限，并且审计人员的知识水平和业务素质以及信息技术的约束使得审计人员有时候难以发现隐藏在单位内部的隐患，无法揭示出典型的问题，由此带来检查风险。
(二)、操作程序风险。如今，不仅仅是国外，我国的审计也有了一定程度的发展。为了能规范审计的发展和运用，我国也出台了一些和审计有关的法律法规。这在一定程度上给审计人员的工作带来了便利，使得他们有依据可循。但是同时，我们也可以看到审计的法律法规还是存在着很多的漏洞，在许多的方面还不成熟。而实际的工作中又受到许多因素的影响，审计人员有时就缺乏明确的法律依据，只能凭借自己的经验和感觉，增加了审计的可操作性，使得审计结果与实际情况有着偏差，这也就是操作程序风险而带来的。
(三)、信息不对称风险。要进行审计，首先要取得企业的各种信息及数据，这些信息和数据是审计人员做出审计结论的最重要的资源，它们将直接影响到审计结论。因此，在审计过程中，应该尽可能多的获得与企业有关的真实的信息数据。然而，被审计单位掌握着全部的真实的信息，处于信息的优势。相反的，审计人员则处在信息的劣势，因为审计人员不能同单位一样，掌握全部的真实且有用的信息，而只能靠被审计单位的提供。审计人员无法取得足够的、真实的信息，也就难以做出正确的审计结论。
(四)、质量结果风险。许多的因素都会影响到审计的质量。首先，因为审计证据的数量和真实性受到限制，会带来审计结果的误差。其次，审计人员自身的知识水平和业务素质也有限，会带来判断误差等。最重要的是，审计技术也会有较大的影响。因此，为了能拥有较好的审计质量，应该大力培养高素质的审计人员，同时让他们尽可能的运用现代化的技术，这样才能有效的减少企业的隐患。
