新《审计法》对审计程序作了一些新的规定。一是增加了审计通知书送达的例外情形;二是提出了“审计组的审计报告”和“审计机关的审计报告”两个概念;三是规定了审计机关审议审计组的审计报告的程序;四是增加了上级审计机关确保下级审计机关作出的审计决定正确的程序等。
新《审计法》第三十八条，在原有规定审计机关应当在实施审计三日前向被审计单位送达审计通知书的基础上，增加规定了审计通知书送达的例外情形，即“遇有特殊情况，经本级人民政府批准，审计机关可以直接持审计通知书实施审计”。这一规定，突出了审计的突击性。当需要办理本级人民政府或上级审计机关交办的紧急审计事项，或者因被审计单位涉嫌严重违法违规而需要事先不通知被审计单位时，审计机关将直接持审计通知书实施审计。
新《审计法》第四十条规定： “审计组对审计事项实施审计后，应当向审计机关提出审计组的审计报告。审计组的审计报告报送审计机关前，应当征求被审计对象的意见。”“审计组应当将被审计对象的书面意见一并报送审计机关。”并且，第四十一条规定：“审计机关按照审计署规定的程序对审计组的审计报告进行审议，并对被审计对象对审计组的审计报告提出的意见一并研究后，提出审计机关的审计报告;”“审计机关应当将审计机关的审计报告和审计决定送达被审计单位和有关主管机关、单位。”新《审计法》将原《审计法》规定的“审计报告”这一不对外公布的内部文件改为“审计组的审计报告”;将“审计机关的审计报告”取代“审计意见书”成为对外公布的外部文件。这样的修改，强化了国家审计的鉴证职能，使得“审计机关的审计报告”成为被审计单位经济活动的真实性、合法性和效益性的书面证明，以取得被审计单位和有关主管机关、单位对被审计单位的财政财务和管理作出正确的判断和信任，保障包括被审计单位在内的社会公众的合法权益。新《审计法》要求审计机关按照规定的程序审议审计组的审计报告，充分考虑被审计对象(包括被审计单位和接受经济责任审计的单位主要负责人)对审计组的审计报告的意见，冲破时间的限制，以提出结论客观、公正的审计机关的审计报告，保证审计报告的质量，保障被审计对象的合法权益。
新《审计法》增加第四十二条规定：“上级审计机关认为下级审计机关作出的审计决定违反国家有关规定的，可以责成下级审计机关予以变更或者撤销，必要时也可以直接作出变更或者撤销的决定。”这充分彰显出审计机关对国家和人民高度负责的态度，最大程度地保障被审计对象的合法权益。
新《审计法》对审计程序作出的新规定，有利于进一步规范审计行为，有利于提高审计质量和工作效率，有利于降低审计风险，有利于保障被审计对象的合法权益。
