自2002年乡镇税费改革以来，乡镇机关的收入结构发生很大变化，由原来很大程度上依靠乱收费、乱摊派、乱罚款来增加机关收入，逐渐转变为依靠扶持产业、培植财源、发展经济来维持机关正常运转。因此，审计的检查内容、范围，也应从过去的查处“三乱”行为、增加农民负担问题为主，改为查处是否挤占挪用上级拨入的专项资金、国有资产是否流失等内容为主。具体说来有如下几个方面：
1、投资决策是否正确。主要检查乡镇领导涉及财务上的大额资金投向是否具有经济效益或社会效益，是否给国家或单位带来重大经济损失或潜在风险。
2、是否挤占挪用专项资金。主要检查上级财政及有关部门拨入的救灾救济、基础设施投资、民生保障、水利建设等涉农惠农专项资金是否做到专款专用，是否存在挤占挪用的违纪违规问题。
3、国有资产是否流失，资产管理情况如何。检查是否存在未经国有资产管理部门批准，擅自出售房屋、土地、山林等国有资产的问题，是否违反了《行政事业单位国有资产管理办法》。 检查乡镇领导任期内资产保值、增值状况如何？是否依靠举债来增加资产总额的，有否潜在的经济包袱。
在审计实践中，我们发现有些乡镇违反《合同法》规定的租赁期限、以低价且未通过公开招投标，出租林场、电站、自来水厂等乡（镇）所属企业，变通方式化公为私。如根据《合同法》规定，租赁期限最多20年，可是有些乡镇却签订了30-50年出租期限，在检查中应关注此类问题。
4、招待费用是否超标。主要检查乡、镇政府列支招待费用是否违反了财政部《行政事业单位业务招待费列支管理规定》及中纪委《关于党政机关厉行节约制止奢侈浪费行为的若干规定》，尤其是要查处使用公款购买高档烟酒、食品，用于送礼拉关系的行为。
5、基建工程是否经过决算审计。主要检查乡、镇楼堂馆所等基建工程项目，尤其要关注已竣工交付使用的，但工程造价却未进行决算审计，且在陆续支付工程款的建设项目。
6、报账票据是否合规。检查报账发票是否违反《会计法》及《中华人民共和国发票管理办法》，在审计中，我们经常发现不合规票据有如下表现形式：第一，白条报帐，支付商品及劳务费用；第二，在报销食品、烟酒、办公费用等项目中，有相当部分发票，未填写单价、数量、单位规格、商品具体名称等内容，也无结算清单。第三，报账发票未加盖业户税务专用章。
7、是否漏缴国家税费。乡镇普遍存在以下三方面漏缴税费情况：①出售乡、镇所属企业的房屋、土地收入未向税务部门申报纳税。②白条支付劳务或商品款项。③向个人借款支付利息额时，未代扣代缴个人所得税。这些行为违反了《税收征收管理法》、《营业税暂行条例》、《个人所得税法》及《个人所得税代扣代缴暂行办法》等有关规定。
8、是否存在无政策依据，乱发奖金补贴，扩大财务开支。主要是检查有没有自立项目为干部职工，尤其是为乡镇党政领导发放交通费、手机费、差旅费等各种津补贴的问题。
9、购入商品是否经政府采购程序。主要检查擅自购入小车、高档电器、专用设备等有关商品，是否违反了《政府采购法》等有关规定。
