内部审计程序既不同于社会审计程序，也与国家审计程序存在着一定的区别。从形式上看，内部审计工作程序的几个基本阶段同国家审计程序大体相同，但其工作程序的具体繁简程度，则主要取决于单位内部管理层根据需要做出的具体规定。本节拟从一般的情况阐述其审计程序特点。
一、准备阶段的特点
部门、单位内部审计机构所进行的内部审计，在准备阶段的工作内容与国家审计大体相同，但审计项目的确定、审计计划制定的依据，更多的是本部门、本单位实际经济情况，以及本部门、本单位领导交办的案件。内部审计人员一般熟悉本部门、本单位的内部情况，因此，可以不需要做很多的准备工作，便能迅速地转入实施阶段。同时，因内部审计人员是本部门、本单位内部的成员，所以，审计工作方案可以比较机动灵活，并且可以随时补充修改。
二、实施阶段的特点
内部审计实施具体的审计工作，一般应事先通知被审计单位，但无须做初步调查，也无须对内控制度进行健全性调查、符合性测试和有效性评价。审计人员依靠自己对本部门、本单位的了解，已经积累了对审计环境的认识，一般足以使他们于实施阶段一开始便径直着手深入地审核检查工作下便有些一般情况需要了解，亦可与审核检查工作结合进行。对审计中发现的问题，可随时向有关单位和人员提出改进的建议。
三、终结阶段的特点
内部审计的审计报告需由经办内部审计的审计人员提出后，征求被审计单位意见，并报送本部门、本单位领导审批。经批准的审计意见书和审计决定，送达被审计单位。被审计单位必须执行审计决定。对主要项目要进行后续审计，检查采纳审计意见后执行审计决定的情况，被审计单位对审计意见书和审计决定如有异议，可以向内部审计机构所在单位负责人提出，该负责人应当及时处理。国家审计机关派驻部门的审计机构代行所驻部门内部审计机构的职能，其做出的审计报告还应报送派出的审计机关。
