1.事前审计与事后审计相结合。有的涉农专项资金项目时间跨度较长，在项目完成后，审计机关再进行事后审计，有些问题早已木已成舟，造成的损失浪费等问题已无法挽回。所以审计机关平时要注重到被审计单位和相关部门了解涉农专项资金来源的构成、规模和投向等基本情况，为进一步开展审计监督做好准备。审计机关监督的关口前移，就能够及时发现问题并提出审计意见和建议，以便督促有关部门和单位及时整改，避免因审计“秋后算账”而不能及早发现问题，影响审计监督作用的发挥。
2.账面审计与账外调查相结合。涉农专项资金审计涉及到财政部门、相关主管部门和具体用款单位等相关部门和单位。近几年来随着审计机关对涉农专项资金审计的广度和深度加大，被审计单位的违法违纪手段更加隐蔽，常常利用各种假象，掩盖违法违纪事实。所以，审计机关仅仅依靠对被审计单位就账审账、就问题查问题的方法已经很难发现问题。审计人员必须在账面审计基础上，通过走访调查、实地察看和业务核对等方法，才能真正弄清涉农专项资金使用的真实情况。涉农专项资金政策能否落实到位，农民最有发言权。所以，审计调查的重点应放在对农村干部和农民的调查上，让他们说长道短，倾听他们的意见和建议，反映他们的呼声，最终促进问题整改。
3.资金审计与项目工程审计相结合。围绕涉农专项资金的筹集、分配和使用这一条主线，审计机关在查清涉农专项资金来龙去脉的同时，对涉及到的基建工程项目，还要进行项目工程审计。通过审查招投标文件，看有无存在编制疏漏和定额标准偏差等问题。通过账务核查、图纸计算、现场勘验等方法审查农村基础建设工程决算，看有无高估冒算、偷工减料和涉嫌工程腐败等问题，从而挤掉项目工程中的支出水分，弄清涉农专项资金支出的真实性。
4.真实合法性审计与效益审计相结合。对涉农专项资金审计光有真实合法性审计是不够的。审计机关对涉农专项资金在筹集、分配和使用各环节查清是否真实合法的基础上，要利用专门的审计方法和依据一定的审计标准，对被审计单位使用涉农专项资金的经济性、效率性、效果性进行综合评价。效益审计的重点是揭露管理不善、决策失误造成的严重损失浪费和资金流失等重大问题。通过效益审计提高涉农专项资金审计的广度和深度，提高审计成果的质量。
5.同级审计与交叉审计和“上审下”相结合。涉农专项资金违纪违规行为，往往与地方政府安排和干预是分不开的，对涉农专项资金审计更多地采取“上审下”和“交叉审计”方式，可以引起地方党委、政府重视，容易发现和反映问题，较好地解决同级审计中审计难、上报情况难和审计处理难等问题，审计揭示的问题比较系统全面，审计影响力较强，产生的审计效果也显著。
6.审计与整改相结合。审计处理处罚不是目的，关键在于审计发现的问题能否及时纠正，审计意见和建议是否落实到位，这就要实施跟踪审计，督促有关部门和单位积极整改，才能体现出审计监督的目的和作用。审计机关要督促有关部门及单位进一步规范和加强对涉农专项资金的会计核算、财务管理与监督检查工作，促进管好、用好涉农专项资金，确保专款专用，提高资金使用效率。
