乡镇企业用地使用权人对土地享有占有权、使用权。其收益权按照有关公司法、合伙企业法的规定或依约定处置。乡镇企业用地使用权不得转让、出租。但是，因企业破产、兼并、分立等情形致使土地使用权依法发生转移的，不在此限。因企业破产、兼并、分立等情形致使土地使用权流转，继受取得土地使用权的企业不属于本集体经济组织投资设立的企业的，应当办理国家土地征收和国有土地出让手续。
乡镇企业用地使用权经县级人民政府土地管理部门登记的，可以随厂房一同抵押。但是，在实现抵押权后，未经法定程序不得改变土地集体所有和土地用途。
(一)乡镇企业用地使用权的权利内容
乡镇企业对其经营用地享有占有权、使用权和收益权。
其中，收益权的具体范围和行使方式，根据企业的具体形态和适用法律的不同，分别按照公司法、合伙企业法或者其他有关法律、法规的规定确定。农村集体经济组织独资设立的企业，其收益一般归农村集体经济组织。
(二)乡镇企业用地使用权的流转
乡镇企业用地使用权的可流转性是比较有限的。之所以限制其流转，主要是基于保护耕地的需要。因为，如果不对这种流转加以限制，人们就可以以办企业的名义将农用地变成建设用地，然后加以转让、出租等等。也就是说，在现阶段，国家还没有开放农村地区的企业产权市场。但是，作为这一限制的例外，因企业破产、兼并等变动情况而发生的流转，法律予以承认。
依《担保法》的规定，乡镇企业经营用地使用权可依法抵押。但法律对此有两点限制：1)乡镇企业的土地使用权不得单独抵押，而只能随地上建筑物一同抵押;2)在抵押权实现后，未经土地征收程序，该土地原有的集体所有性质不变，未经办理变更土地用途的审批手续，必须按原有的用途使用该土地。
在企业破产、兼并、分立的情况下，上述两点限制实际上也是存在的：企业破产、兼并或分立时，企业使用的土地应当随厂房等建筑物一并变价处分;未经法定的土地征收、用途变更等程序，不得改变土地原有的所有权性质和用途。
