物权法第129条规定：“土地承包经营权人将土地承包经营权互换、转让，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请土地承包经营权变更登记；未经登记，不得对抗善意第三人。”
《中华人民共和国农村土地承包法》第38条对此也作了同样的规定。
据此规定，土地承包经营权采取互换、转让方式流转，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
实践中，有很多情况下，土地承包经营权转让过程中，当事人只签订了土地承包经营权转让合同，而没有向县级以上地方人民政府申请转让登记。
因此，虽然双方签订了转让合同，而在政府部门没有登记，土地承包经营权就还在原承包户的名下。如果原承包人再次转让其土地承包经营权，而受让人并不知道土地承包经营权实际上已经转让的情况，双方签订转让合同，并在县级人民政府管理部门申请转让登记，在第一位受让人和第二位受让人对土地承包经营权都主张权利时，就会出现因第一位受让人受让后没有办理转让登记，而无法对抗第二位受让人。
也就是说，这时第二位受让人可以拿已经过登记并按照转让合同履行义务来对抗第一位受让人。如果双方发生争议，诉讼到人民法院，则人民法院会依法支持第二位受让人。其原因就在于第二位受让人签订转让合同取得了土地承包经营权后，依法办理了变更登记，能够对抗其他的债权人，而第一位受让人则只能要求原承包人赔偿其经济损失，而无权向第二位受让人主张土地承包经营权。
对进入流转程序的流转行为，以转包、出租、互换或者其他方式流转的，承包方应当及时向发包方备案；以转让方式流转的，应当事先向发包方提出转让申请。承包方将土地交由他人代耕不超过1年的，可以不签订流转合同，但要经发包方同意并登记。
以转包、出租、互换、入股等形式流转的土地，流转双方在协商一致的基础上，经乡镇土地流转服务站指导签订书面流转合同。流转合同一式四份，流转双方各执一份，并于合同签订后三日内送发包方、乡镇土地流转服务站各备案一份。以转让形式流转的，承包方必须经发包方同意后，再签订流转合同，合同签订后要将全部合同文本送发包方签署意见后才能生效。发包方不同意转让的应当在七日内向承包方书面说明理由。采取互换、转让方式流转土地的，当事人申请办理土地承包经营权流转登记的，县级人民政府农业行政主管部门应当予以受理，并依照《农村土地承包经营权证管理办法》的规定办理。
土地承包经营权（以下简称为“承包经营权”）是反映我国经济体制改革中农村承包经营关系的新型物权。民法通则规定了公民、集体的承包经营权受法律保护（第80条第2款、第81条第3款）。
承包经营权就是承包人（个人或单位）因从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产或其他生产经营项目而承包使用、收益集体所有或国家所有的土地或森林、山岭、草原、荒地、滩涂、水面的权利。
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