根据国务院《排污费征收使用管理条例》和国家总局《关于排污费征收核定有关工作的通知》的规定，排污费征收程序一般分为排污申报登记、排污申报登记审核、排污收费计算、排污费征收与缴纳等五个主要环节。
一、排污申报登记
排污申报登记是指向环境排放污染物的排污者，依法按照国家规定向所在地环境保护部门申报登记所拥有的污染物排放设施、处理设施和正常作业条件下排放污染物的种类、数量、浓度、强度等与排污有关的正常排污及排污变化情况的法定义务。
(一)申报登记
1、正常申报
排污者须按国务院环境保护行政主管部门的规定，向县级以上人民政府环境保护部门的环境监察大队于每年的12月15日前申报登记下一年度正常作业条件下排放污染物的种类、数量、浓度及与排污情况有关的各种情况，填报《全国排放污染物申报登记报表》。
2、变更申报
排污者申报、登记后，排放污染物的种类、数量、浓度(强度)、排放去向、排放方式、排放口设施、污染防治处理设施需要作变更、调整的，应在变更前15日内履行变更申报手续，填报《排污变更申报登记表》;排污情况发生紧急变化时，必须在变更后3日内报告并提交《排污变更申报登记表》。
新建、扩建、改建和技术改造建设项目的排污申报登记，应在项目试生产前3个月内办理排污申报手续，填报《建筑施工场所排污申报登记表》。
(二)拒报或谎报违法行为处理
对不按规定时限和内容履行排污申报登记及变更手续的，视为拒报;对未按规定内容进行如实申报登记的视为谎报。对属拒报或谎报的违法行为除依法按规定处以罚款外，还应责令排污者限期补报。
二、排污申报登记审核
环境监察大队在收到排污者的《排污申报登记表》或《排污变更申报登记表》后，应依据排污者的实际排污情况，按照国家强制检定的污染物排放自动监控仪数据、监督性监测数据、物料衡算数据或其他有关数据对排污者填报的《全国排放污染物申报登记报表》或《排污变更申报登记表》项目和内容进行审核。经审核符合要求的应于每年元月15日前向排污者发回一份经审核同意的《排污申报登记表》;不符合规定的责令补报，不补报的视为拒报。
三、排污申报登记核定
环境监察大队根据审核合格的《排污申报登记表》，于每月或季末10日内，对排污者每月或每季的实际排污调查与核定。 经核定，符合要求的，应在每月或每季终了后7日内向排污者发出《排污核定通知书》。不符合要求的，要求排污者限期补报。
排污者对核定结果有异议的，应在接到《排污核定通知书》之日起7日内申请复核，环境监察大队应当自收到复核申请之日起10日作出复核决定，并将《排污核定复核决定通知书》送达排污者。
环境监察部门对拒报、谎报、漏报拒不改正排污者，可根据实际排污情况，依法直接确认其核定结果，并向排污者发出《排污核定通知书》，排污者对《排污核定通知书》或《排污核定复核通知书》有异议的，应先缴费，而后依法提起复议或诉讼。
四、排污收费计算
环境监察大队应依据排污收费的法律依据、标准依据和核定后的实际排污事实依据(排污核定通知书或排污核定复核通知书)，根据国家规定的排污收费计算方法，计算确定排污者应缴纳的废气、废水、噪声、固废等收费因素的排污费。五、排污费征收与缴纳
排污费经计算确定后，环境监察大队应向排污者送达《排污费缴纳通知单》，并同时向社会公告。
排污者应自接到《排污费缴纳通知单》之日起7日内，将排污费缴到指定的商业银行。对排污收费行政行为不服的，应在复议或诉讼期间内提起复议或诉讼，对复议决定不服的还可对复议决定提出诉讼。当裁定或判决维持原收费行为决定的，排污者应当在法定期限内履行，在法定期限内未自动履行的，原排污收费作出行政机关应申请人民法院强制执行;当裁定或判决撤销或部分撤销原排污者收费行政行为的，环境监察大队应依法重新核定并计征排污费。
排污者在收到《排污费缴纳通知书》7日内不提起复议或诉讼，又不履行的，环境监察大队可在排污者收到《排污费缴纳通知书》之日起7日后，责令排污者限期缴纳;经限期缴纳拒不履行的，环境监察大队应依法按不按规定缴纳排污费处以罚款，并从滞纳之日起(即第8天起)每天加收2‰滞纳金。
排污者对排污收费或处罚决定不服的，在法定期限内未提起复议或诉讼，又不履行的，环境监察大队在诉讼期满后的180日内可直接申请法院强制执行。
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