众所周知，水生态系统是水生物群落与水环境共同构成的动态平衡系统，是人类生存和发展的重要载体和物质基础，有效应对水生态系统退化及其复杂的资源环境效应，是我们共同面临的严峻挑战。近年来，水利部门按照科学发展观的要求，针对水生态系统面临的严峻形势，坚持人与自然和谐相处的理念，坚持走可持续发展水利的道路，对水生态系统修复与保护开展了大量的实践和探索，取得了积极的成效。
一是在水资源配置和管理工作中，高度重视生态环境用水，通过对黄河水资源进行统一调度，已经实现了黄河连续10年不断流，有效保证了河流生态功能的发挥。
二是在水利工程的规划、建设、管理运行中，高度重视水生态系统保护，加强水利工程的生态调度和运行，充分发挥水利工程保护生态值得作用。
三是对塔里木河、黑河等生态脆弱的流域进行系统的生态治理和修复，向塔里木河下游的台特马湖、黑河下游的东居延海、东北的扎龙湿地、华北的白洋淀等湖泊、湿地进行生态调水和补水，开展了“引长江水济太湖”的调水工作，使得河流下游或湖泊的水生态环境得到了很大缓解，这也是近年来水利工作的一个新方向，需要继续推进和深化。
四是组织开展了水功能区划工作，全国31个省、自治区、直辖市人民政府都批复实施了水功能区划，长江三峡库区、黄河、淮河、海河、松花江、辽河、珠江、太湖流域水域纳污能力核定和限制排污总量意见工作已经完成，为水生态系统保护和水污染防治提供了基础性依据。
五是开展了以城市为单元的水生态系统保护与修复试点工作，为水生态系统保护的工作机制和技术实施探索了实践经验，解决了关键技术，提供了成功范例。
但是，我们清醒地看到，我国的水生态系统保护依然面临着严峻的挑战，受人口增长、经济社会发展方式粗放以及气候变化等因素的影响，我国水生态系统许多问题亟待解决。
一是水污染依然严重，已经成为威胁我国水生态系统安全的主要因素。2007年，全国有700多亿吨的废污水排入江河湖泊，在调查监测的28万公里长的河流中，约三分之一受到不同程度的污染，平原地区以及城市下游河道污染尤其严重，全国湖泊富营养化问题突出。
二是部分河流水资源开发超过了水资源承载能力，断流情况严重。据对全国514条主要河流的调查表明，有49条河流发生过断流，断流河段总长度7428km，占发生断流河流总长度的35%。海河流域21条总长为3664km平原河道， 2000年干涸长度比例达60%。
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三是对湖泊、湿地的侵占和不合理开发利用，使得我国湖泊和湿地萎缩明显。与50年代相比，面积大于1km2湖泊的总面积减少了14850km2，约占50年代湖泊面积的15%，天然陆域湿地面积减少了28%。
四是部分地区地下水超采，诱发地质环境问题。全国地下水超采区面积约19万km2，年超采地下水约120亿m3。地面沉降总面积超过6万km2。部分地区建筑物出现裂缝甚至倒塌。沿海地区由于地下水超采引起海水入侵面积超过1500km2。
五是对河道、滩地不合理占用，影响河流正常功能的发挥。一些地区社会经济用地挤占河道空间，部分地区的河道成为垃圾场甚至排污沟。有的地区甚至不顾防洪安全，对河道进行肆意改造和迁移，封闭河道成为建设用地等。
目前，按照国务院的要求，水利部正在积极推进最严格的水资源管理制度，加强对水资源的合理利用和有效保护。其核心就是要围绕水资源的配置、节约和保护，实行水资源三条“红线”管理：明确水资源开发利用红线，严格实行用水总量控制;明确水功能区限制纳污红线，严格控制入河排污总量;明确用水效率控制红线，坚决遏制用水浪费。
当前，要重点做好以下五方面的工作：
一是以用水总量控制为核心，抓好水资源配置，保障水生态系统的合理用水需求。在进一步完善全国、流域、区域水资源综合规划的基础上，各流域要制定流域水量分配方案，各省、自治区、直辖市要明确取水许可总量控制指标，对流域内经济社会用水实行总量控制。强化水资源统一调度，健全调度机制和手段，保障生活、生产和生态用水的合理需求。
二是以水功能区管理为载体，进一步加强水资源保护。强化水功能区监督管理，按照水功能区水质目标要求，科学核定水域纳污能力，提出水域的限制排污总量意见，并作为各级政府开展水污染防治和污染减排工作的参考依据。强化饮用水源保护监督管理，完善水源地水质监测和信息通报制度。加快地下水超采区划定工作，逐步削减开采量，遏制地下水过度开发。维持河流合理生态流量，维持湖泊、水库和地下水的合理水位，防止水源枯竭和水体污染。
三是以提高用水效率和效益为目标，全面推进节水型社会建设。建立健全国家用水定额标准，健全节水产品市场准入制度。建立全国用水效率和效益评价与考核指标体系，健全节水责任制和绩效考核制。完善公众参与机制，引导和动员社会各方面力量积极参与节水型社会建设，减少水资源的开发利用，减少污水排放，减轻对水生态系统的影响。
四是以必要的水利工程设施建设为手段，因地制宜地做好水生态系统修复与保护。继续加大对石羊河流域、太湖流域等流域的综合治理力度。实施必要的河湖连通工程、调水补水工程、底泥疏浚工程等，加快推进以城市为单元的水生态系统保护综合试点。加强水利水电工程生态影响评估论证，建立生态用水及河流健康指标体系。[page]
五是以落实法律法规和执法监督为保障，规范水资源管理行为。抓紧开展节约用水管理、地下水资源管理、水资源保护和水资源论证管理等方面的立法工作。强化监督管理，严格执行已有的涉水法规，规范行政行为，重点加强取水许可和水资源费征收使用、节水管理、入河排污口审批等制度落实情况的专项检查，依法查处违法取用水、破坏水资源等行为。
水生态系统的保护是一个综合性问题，需要来自不同部门、不同领域的专家、学者和各方面力量的协力推进。让我们携起手来，共同努力，为保护水生态系统、保护人类共有的家园做出实实在在的贡献。
