自然生态系统是在一定时间和空间范围内,依靠自然调节能力维持的相对稳定的生态系统。如原始森林、海洋等。由于人类的强大作用，绝对未受人类干扰的生态系统已经没有了。自然生态系统可以分为：①水生生态系统：以水为基质的生态系统;②陆生生态系统：以陆地土壤或母质等为基质的生态系统。
我国的自然保护区可分为三大类：
第一类是生态系统类，保护的是典型地带的生态系统。例如广东鼎湖山自然保护区，保护对象为亚热带常绿阔叶林;甘肃连古城自然保护区，保护对象为沙生植物群落;吉林查干湖自然保护区，保护对象为湖泊生态系统。
第二类是野生生物类，保护的是珍稀的野生动植物。例如，黑龙江扎龙自然保护区，保护以丹顶鹤为主的珍贵水禽;福建文昌鱼自然保护区，保护对象上文昌鱼;广西上岳自然保护区，保护对象是金花茶。
第三类是自然遗迹类，主要保护的是有科研、教育或旅游价值的化石和孢粉产地、火山口、岩溶地貌、地质剖面等。例如，山东的山旺自然保护区，保护对象是生物化石产地;湖南张家界森林公园，保护对象是砂岩峰林风景区;黑龙江五大连池自然保护区，保护对象是火山地质地貌。
