限期治理作为我国一项重要的环境法律制度，是环境执法经常使用的手段之一。但在执法实践中，一部分被要求进行限期治理的企业，认为在整顿最后期限来临以前不会有人再来查，因此无所顾忌地生产和超标排污，使得限期治理在某一段时间里成了免罚的代名词。
目前，基层环保部门将限期治理视为行政处罚措施是一种较为普遍的观点。其依据主要在于：《大气污染防治法》和《水污染防治法》都将限期治理规定在“法律责任”一章中;法律还规定，向大气、水体超标排放污染物是一种违法行为。
限期治理具备了一定的制裁性或惩罚性的特征，但并不具备行政处罚的本质属性。其原因在于以下几点：
首先，《大气污染防治法》和《水污染防治法》规定的“法律责任”并不意味着就是行政处罚。限期治理规定位于“法律责任”一章只能表明其为环境行政法律责任的一种，但无法证明相对人的这种法律责任就是行政处罚。这是因为，环境管理相对人承担法律责任的方式并不是只有行政处罚这一种。所以，不能仅仅因为限期治理规定在“法律责任”章节中，或与罚款、责令关闭等行政处罚种类并列，就据此推断限期治理是行政处罚。
其次，根据《大气污染防治法》和《水污染防治法》的有关规定，超标排放污染物的行为是一种违法行为，但这只是满足了构成行政处罚的一个要件，即行为违法性。判断限期治理是否为行政处罚，关键在于如何理解行政处罚行为的制裁性。行政法学界通常认为，在行政处罚中，制裁就是剥夺、限制违法者的权利，或者处以违法者新的义务负担。显然，限期治理是要求相对人履行其达标排放污染物的原有义务，既没有对相对人加以新的义务负担，也没有剥夺或限制相对人的财产权利和人身权利。所以，其不具备制裁性，并非行政处罚。
此外，限期治理是超标排污者承担的一种法律责任，但法律责任只是行为人所承担的不利法律后果，并不必然意味着制裁或惩罚。将制裁和惩罚作为法律责任的本质，是以刑法和刑事责任为基本模式并加以泛化而得出的错误结论。另外，与修订前的《大气污染防治法》、《水污染防治法》没有规定超标排污者必须限期治理相比，修订后的法律将限期治理规定为超标排污者必须承担的法律责任，的确加重了对排污者的制裁。
