一、三年时效
我国民法通则第一百三十五条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。”环境保护法第四十二条规定：“因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效期间为三年。”可见，环境污染损害赔偿诉讼的时效为三年。这里的问题就在于诉讼时效“从当事人知道或者应当知道受到污染损害时起计算”的规定于受害人不利。如前文所述，环境污染损害有间接性、潜伏性、长期性、遗传性等的特点，直接的和必然的因果关系链在环境污染损害赔偿诉讼中是无法找到的，受害人往往“难以知道”或根本就“不知道”受到的是什么损害。在现代工业化如此发达的社会，受害者在知识方面往往是处于弱势地位，“应当知道”对他们来说大会过于苛刻了。在现时诉讼中，三年诉讼时效的规定是远远不能够保护受害当事人的。三年，往往在人们还不知就里时就早已过去了。诉讼时效是权利人怠于行使权利的持续状态超过法定期间便丧失司法救济权的法律制度，其用意是督促受害人积极行使自己的权利。但是，环境污染损害赔偿诉讼三年的诉讼时效，因损害客观上的特点，决定了受害人主观上再积极也无法有效地保护自己。
二、最长时效
我国民法通则第一百三十七条：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。但是，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间。”环境损害赔偿的最长诉讼时效沿用民法通则二十年的规定，这是一个不可变的除斥期间。
这里的问题首先是，民法通则第一百三十七条将二十年最长诉讼时效期间表述为从知道或者应当知道“权利被侵害”时起计算，而环境保护法第四十二条将环境污染损害赔偿诉讼三年诉讼时效表述为从知道或应当知道“受到污染损害”时起计算，二者的不一致是法律上的不协调。相比看损害。前者着眼于主观认识意义上的法律权利是否受到伤害，后者着眼于客观存在意义上的财产或身体健康是否受到伤害。其次，二十年对于环境污染受害者的求偿来说，第一，本身也不够长，已知的日本富山痛痛病病因自初次发现患者到政府确定历时22年，熊本水俣病的病因确定经过15年，未知的环境污染引发的损害原因的查明，又有谁能保证会比这更乐观一些呢?第二，由于本身的不够长，因而也就不能弥补三年时效短的缺陷。
关于环境污染损害赔偿诉讼的有效期的问题，我国在诉讼中最常用的就是三年时效和最长时效，两者的起算时间不同，所着眼的侵权点也不相同，造成了两种诉讼时效的结果也不相同。在法律还没有完善，相关法条还不健全的情况下，我们应该结合自己的实际情况，趋利避害，选择适合自己的诉讼方式才能更好的维护自己的权益。
