各级环境保护行政主管部门在制作《行政处罚决定书》时，在如何确定行政相对人提起环境行政诉讼期限的问题上存在较大的误解，法律运用比较混乱(见下表)。笔者拟对提起环境行政诉讼的期限作出较为详尽的分析。
法律法规中已有相关规定
环境保护部于2010年4月16日发布的《环境行政处罚主要文书制作指南》规定，为精简文书，责令改正的具体内容也可以写在《行政处罚决定书》中，不再单独作出《责令改正违法行为决定书》。但因责令改正的起诉期限是3个月，行政处罚的起诉期限是15日，应分开告知起诉期限。
原国家环境保护总局2001年5月26日致函(环函[2001]100号)全国人大常委会法制工作委员会称，《环境保护法》第四十条规定，当事人对行政处罚决定不服的，可以在接到处罚通知15日内申请复议，也可以在15日内直接向法院起诉；当事人逾期不申请复议、也不向法院起诉、又不履行处罚决定的，由环保部门申请法院强制执行。
另据《行政诉讼法》第三十九条规定，当事人直接向法院提起诉讼的期限为3个月，法律另有规定的除外。根据以上规定，当事人对环保部门所作行政处罚不服，申请行政复议的期限应为60日，当事人直接向法院提起行政诉讼的期限则应为15日。
全国人大常委会法制工作委员会于2001年6月25日作出的《关于环保部门就环境行政处罚决定申请人民法院强制执行的期限有关问题的答复》(法工委复字[2001]17号)称，同意原国家环保总局的意见，即当事人直接向法院提起行政诉讼的期限则应为15日。
新修订的《环境保护法》删除了现行《环境保护法》第四十条的相关条款。但《水污染防治法》第八十四条却规定，当事人对行政处罚决定不服的，可以在收到通知之日起15日内向人民法院起诉。
另外，《行政诉讼法》第三十九条规定，当事人直接向法院提起诉讼的期限为3个月，法律另有规定的除外。
针对不同情况确定起诉期限
《环境行政处罚办法》(自2010年3月1日起施行)第十二条规定，根据环境保护法律、行政法规和部门规章，责令改正或者限期改正违法行为的行政命令的具体形式有责令停止建设、责令停止试生产、责令停止生产或者使用、责令限期建设配套设施、责令重新安装使用、责令限期拆除、责令停止违法行为、责令限期治理等，根据最高人民法院关于行政行为种类和规范行政案件案由的规定，行政命令不属行政处罚。行政命令不适用行政处罚程序的规定。据此，责令改正的起诉期限应依据《行政诉讼法》第三十九条确定为3个月。
依据新修订的《环境保护法》及其单行法作出行政处罚的案件，起诉期限应依据《行政诉讼法》第三十九条的规定确定为3个月。
值得注意的是，在《水污染防治法》对此做出修改前，依据《水污染防治法》作出行政处罚的案件，起诉期限应依据《行政诉讼法》第三十九条和《水污染防治法》第八十四条的规定确定为15日。为精简文书，对同一当事人的两个或者两个以上环境违法行为，可以分别制作行政处罚决定书，也可以列入同一行政处罚决定书，但应分开告知其起诉期限。
