我国是一个海洋大国，涉海部门较多，海洋环境保护的任务很重。因此，根据海洋环境保护法的规定，我国的海洋环境保护工作是一个由有关部门各司其职、分工协作、紧密配合的监督管理体制。具体包括：
一、国务院环境保护行政主管部门作为对全国环境保护工作统一监督管理的部门，对全国海洋环境保护工作实施指导、协调和监督，并负责全国防治陆源污染物和海岸工程建设项目对海洋污染损害的环境保护工作。国务院环境保护行政主管部门有权对其他有关部门的海洋环境保护工作予以指导，对各部门在海洋环境保护工作中的合作和统一行动需要协调时予以协调，对其他有关部门的海洋环境保护工作进行监督。
二、国家海洋行政主管部门作为海洋的专业管理部门，负责具体的海洋环境监督管理工作，包括组织海洋环境调查、监测、评价和科学研究，海上巡航监视及对海洋环境污染事故的调查处理，防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋环境的污染损害等。海洋行政主管部门具有管理海洋环境的专业技术优势和一定的海上执法力量，赋予其海洋环境监督管理权，有利于维护国家海洋整体利益，有利于海洋科学技术研究成果向海洋环境管理转化，为海洋环境保护提供科学手段和有效保证。
三、国家海事行政主管部门在海洋环境保护方面的职责：一是负责其管辖的港区水域内除军事船舶以外，所有其他船舶污染海洋环境的监督管理及其对污染事故的处理;二是负责其管辖的港区水域外非渔业、非军事船舶污染海洋环境的监督管理及其对污染事故的调查处理;三是对在我国管辖海域内航行、停泊和作业造成污染事故的外国籍船舶登轮检查，并对污染事故调查处理。还需要说明的是，对船舶造成的渔业污染事故，海事行政主管部门在调查处理时要吸收渔业行政主管部门参与。
四、国家渔业行政主管部门在海洋环境保护方面的职责：一是负责渔港水域内非军事船舶和渔港水域外渔业船舶污染海洋环境的监督管理。渔业船舶是指从事渔业生产的船舶，以及属于水产系统专门为渔业生产、科研、管理服务的船舶。二是负责保护渔业水域生态环境工作。渔业水域是指鱼虾类的产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道和鱼虾贝藻类的养殖场。三是调查处理渔业污染事故。渔业污染事故是指由于单位或者个人将某种物质和能量引入海域，损坏渔业水域使用功能，影响渔业水域内的鱼虾贝藻类等海洋生物繁殖、生长或者造成该生物大量死亡，以及造成该生物有毒、有害物质积累、质量下降等，对渔业资源和渔业生产造成损害的事件。[page]
五、军队环境保护部门负责军事船舶污染海洋环境的监督管理，并负责对军事船舶造成的海洋环境污染事故进行调查处理。军事船舶大多用于军事目的，涉及军事秘密，由军队负责管理。对于军事船舶污染海洋环境的监督管理和其造成的污染事故的调查处理，只能由军队环境保护部门负责，这样规定也有利于军队承担起保护海洋环境的责任。
六、沿海县级以上地方人民政府海洋环境监督管理部门的设立及其海洋环境监督管理的职责，由沿海省、自治区、直辖市人民政府确定，但必须依据海洋环境保护法和国务院的有关规定，或者不与海洋环境保护法或国务院的有关规定相抵触。
