电子商务与知识产权保护存在着内在的、密不可分的联系，这已成为一个不争的事实。正因为如此，电子商务问题才会引起WIPO的高度关注。笔者认为，这种联系主要体现在以下几个方面：
1、电子商务的核心问题是“数据信息”，知识产权法律制度是保护信息的一种法律工具
知识产权属于一种“信息产权”，从某种意义上讲，它是对符合法定条件的、处于专有领域的一些“信息”提供的法律保护。
电子商务的核心是“数据信息”，在构成电子商务的四种“流”中，“信息流”是最基本的、必不可少的。作为电子商务“信息流”中的相当大的一部分“数据信息”是可以作为“商业秘密”直接得到知识产权法的保护的;而更多“数据信息”的固化、表达可以文学作品、计算机软件、数据库等形式取得版权和其他权利的保护;某些“数据信息”可以商品化，构成“信息化商品”受到商标、商誉等权利的保护;电子商务中进行的商业竞争自然也要受到反不正当竞争法的制约和限制。不仅如此，现在知识产权的版权保护，已经延伸到在网络环境中，对作品(也是一种信息)传播、利用的保护，这对电子商务的健康发展，显得尤为重要。
2、知识产权贸易已成为电子商务活动，特别是国际间电子商务中的一种主要形式和竞争手段
关贸总协定(GATT)和世界贸易组织(WTO)的《与贸易有关的知识产权协议》(简称TRIPs)的酝酿、出台、通过、实施，是知识产权贸易成为国际贸易的主要形式和竞争手段的一个典型例证。
早在1985年，美国代表就在关贸总协定的一次专家会议上再度提出假冒商品贸易活动中侵犯知识产权的问题。
1986年9月，关贸总协定的第八轮谈判(通称“乌拉圭回合”)开始之际，瑞士等二十个国家正式提出议案，要求把“知识产权”作为一个新的议题纳入谈判。美国代表提出：“如果不将知识产权等问题作为新议题纳入，美国代表将拒绝参加第八轮谈判。”1990年底知识产权议题正式纳入第八轮谈判，1991年底形成了TRIPS最后文本草案的框架(邓克尔文本)，终于在1993年12月15日结束、1994年4月15日签署的关贸总协定乌拉圭回合谈判的最后文件中，TRIPs作为一揽子通过的协议之一成为关贸总协定和新生的世界贸易组织的正式协议文件，并于1995年1月1日正式生效。在新成立的世界贸易组织所设置的三个理事会中就有一个是知识产权理事会(全称为“与贸易有关的知识产权理事会”，简称TRIPs理事会。其他两个理事会分别是“货物贸易理事会”和“服务贸易理事会”〕，同时在世界贸易组织直接领导的职能机构中，也包括一个“知识产权与投资部”。这充分表明，知识产权与国际贸易已经结为一体，成为国际贸易中不可分割的一部分，并与“货物贸易”、“服务贸易”一起构成世界贸易组织的三大支柱。
知识产权贸易，狭义的理解就是指以知识产权为标的的贸易，主要包括知识产权许可、知识产权转让等内容;广义的理解还应包括知识产权产品贸易。
以知识产权转让、许可为主要形式的无形商品贸易大大发展。据联合国有关机构统计，国际间技术贸易总额1965年为30亿美元，1975年为110亿美元，1985年为500亿美元，90年代已超过1000亿美元。1995年信息技术产品出口贸易为5950亿美元，超过了农产品贸易，三十年间增加了190多倍。除了技术贸易以外，以商标许可、商号许可、商业秘密许可、版权许可等形式为主要内容的知识产权贸易，也有飞速的发展，并成为知识经济条件下，实现企业发展虚拟化的主要方式。
3、知识产权产品已成为电子商务中的一种主要交易对象
随着知识经济的临近，已经出现了知识产业，即以人才和知识等智力资源为第一要素配置的产业，也就是我们通常所讲的高科技产业和版权产业，也可通称为知识产权产业。在有形商品贸易中，附有高新技术的高附加值的高科技产品，通常被称为“知识产品”或“知识产权产品”，在这些高科技产品中凝结着占相当大比重的、多种知识产权的价值，如集成电路、计算机软件、多媒体等产品就属于这类产品。在无形商品贸易中，计算机软件、包括电影在内的视听作品、录音制品、文学作品等版权产业的产品占据了主要地位。简而言之，这种主要利用知识、信息、智力开发的知识产品所载有的知识财富，将成为创造社会物质财富的主要形式，这些知识产权产品已成为目前商品交易中的一种主要商品，也是电子商务中的一种主要交易对象。尤其是版权产品，大部分都可以通过互联网进行“上载”和“下载”，实现网上交付，利用电子商务形式进行交易更是独具优势。
4、电子商务模式已成为专利保护的一种客体
1996年，美国专利商标局颁发的《专利审查程序手册M.P.E.P》中已经明确允许商业方法申请专利。
1998年7月23日，美国联邦巡回上诉法院(CAFC)就State Street银行诉Signature Financial金融集团一案作出判决，确认指导电子商务的经营模式的专利是合法、有效的。这一判决是针对Signature集团拥有的美国第5193056号专利而作出的，也是CAFC首次对涉及电子商务经营模式是否可以取得专利作出的判决，引起业内人士的高度关注 。1999年1月，美国最高法院确认了这一判决 ，从而确立了电子商务经营模式专利保护的合法地位。
1999年4月，美国联邦巡回上诉法院(CAFC)对AT&T公司诉Excel Comunication长途电话公司一案作出判决，判定AT&T公司的市场营销方法的经营模式专利有效 。
美国对于这类基于因特网的电子商务经营模式的专利，采取了极为“宽容”的态度，将那些已在现实社会中广泛应用的经营方式，首次移用到因特网上，便可获得专利保护，将已有的经营模式“系统化”也可获得专利保护。Walker Digital公司的“逆拍卖方式专利”就是一个典型的例子，这一专利已被用于其所拥有的Priceline .com网站上。这种“逆拍卖方式”在现实社会的交易中早已是屡见不鲜的，但并未因此影响到它获得因特网上电子商务经营模式的专利。Walker Digital公司是一个以取得经营模式专利作为自己主业的风险公司，有员工约30人，已提出有关经营模式的专利250多件，其中有14件已获得批准 。
在此前后，有相当数量的一批有关电子商务领域的申请获得了美国专利 ：
(1)第4528643号专利，E-Data公司1993年购买了专利申请权，1995年获得专利，涉及电子分发的方式和购买数字资料的方法。
(2)第5333184号专利，AT&T公司1992年6月提出申请，1994年7月获得专利，涉及到通过记录长途电话通话记录，用于市场促销的一种经营方式。
(3)第5708780号专利，Open Market公司1995年7月提出申请，1999年1月13日获得专利，涉及会话标识符(包括在Web站点上跟踪用户的数字认证，但不包括cookie).
(4)第5715314号专利，Open Market公司1994年10月提出申请，1999年2月3日获得专利，涉及购物车。
(5)第5724424号专利，Open Market公司1995年11月提出申请，1999年3月3日获得专利，涉及安全在线支付。
(6)第5768528号专利，V-Cast公司1996年5月提出申请，1999年6月16日获得专利，涉及推(Push)技术和计数器。
(7)第5774870号专利，Netcentives公司1995年12月提出申请，1999年6月30日获得专利，涉及在线激励和授奖。
(8)第5790793号专利，NetDelivery公司1995年4月提出申请，1999年8月4日获得专利，涉及一种保护在公司之间进行通信，通过网络发送信息的方法，相当于在电子邮件信息中嵌入URL，属于推技术的一种应用。
(9)第5794207号专利，Priceline公司(即Walker Digital公司，Priceline是其所拥有的网站的域名，故被误认为是其公司名称 )1996年9月提出申请，1999年8月11日获得专利，涉及“用户定价”电子商务报价系统，被称为“逆拍卖方式专利”。
(10)第5794207号专利，CyberGold公司1995年12月提出申请，1999年8月11日获得专利，涉及按广告浏览次数付款。
(11)第5960411号专利，Amazon .con公司1997年9月12日提出申请(申请号为92895)，1999年9月28日获得专利，专利名称为“通信网络定购货物的方法和系统”，即“一次点击”(One-Click)电子商务购物技术专利 。
据美国专利与商标局的统计，1990年美国授予与网络有关的发明专利仅有22项;在1996年以前，涉及因特网的专利申请只有13件;截止到1998年，与网络有关的发明专利授权数已达2193件;1999年前3个月，有关因特网的专利授权达到695件之多 。到2000年年底，有关电子商务的授权专利，美国已有1500多件，日本有接近200件。随后的国家是加拿大、英国、荷兰等国。韩国宣称每年有关电子商务的专利申请达到3000-4000件，位居全球之首。美国有关商业方法专利的申请，1998年为1300件，1999年为2600件，到2000年5月已有4500-5000件 。
这种经营模式专利的投入成本一般都不大，比较适合于个人和小型企业进行开发，在这方面大企业并没有明显的优势。有人曾对落入美国专利分类“705”号领域的经营模式专利申请作了专题分析，发现从1998年1月至1999年7月约700件的申请中，个人申请占30%，而大企业的申请不到10件 。
在美国的影响和压力下，日本也将因特网上电子商务经营模式纳入专利保护，如日本第2756488号专利—图形广告方法(Map advertising method patent)就是一例 。
外国向中国提交的第一件电子商务专利申请是在1994年5月9日(申请号94190313.3)，国内提交的第一件电子商务专利申请是在1995年12月7日(申请号95117826.1)，到2000年底，中国已公开的直接与互联网技术有关的专利申请117件，与互联网相关的专利申请620件 。目前中国对于商业方法不准备给予专利保护。
对于因特网上电子商务经营模式给予专利保护，尽管争议甚大，且会产生较大的负面影响，但它确实可以刺激和推动电子商务的发展，这也是事实，不容忽视。
随着电子商务的发展，涉及到因特网电子商务经营模式专利的纠纷也开始增加。自1999年10月以来，就发生了多起，其中比较引人注目的有美国价线(Priceline)公司诉微软公司及其所属的Expedia旅游服务公司侵害其“逆拍卖方式”专利之诉，全球最大的书店亚马逊网站(Amazon .com)诉Barnes and noble .com侵害其“让顾客点击一次鼠标就可以重复购物”(“One-Click”)专利之诉 ，Intouch公司诉亚马逊网站、Liquid Audio、Listen..com、Discover .music .com和时代华纳的Entertaindom等数家网站运营商侵害其“在线音乐作品试听技术”专利之诉 ，Fantasy Sports .com诉Yahoo、ESPN及另外两个网站，麻省理工学院的两位教授诉Ask Jeeves .com 等。
针对上述情况，美国专利与商标局决定加强与电子商务有关的专利审查程序，以确保电子商务技术的创新。为此，该局决定从2000年3月29日起，增加涉及电子商务经营模式和技术专利申请的审查程序，增加一道复审程序，并由资深的专利审查员来负责审理，同时专利局将加强与技术界的合作，定期召开研讨会，共同探讨与电子商务有关的专利事务 。
2000年10月3日，美国众议院议员提出一项《商业方法专利促进法议案》
5、电子商务为知识产权的获得提供了一种新的途径
在电子商务的影响下，一种新的获得知识产权的途径--电子申请也已问世。电子申请就是以电子文件的形式向国家知识产权主管行政机关提交知识产权确权申请。按照传统的做法，这类申请(如专利申请、商标注册申请等)，应该是以纸质文件为载体进行的。
WIPO起草的专利法案条约(PLT)(草案)和专利合作条约(PCT)细则的修改中，已提出电子申请的要求，确认了其合法性。日本专利局是第一家成功实施电子申请系统的，1990年12月已经开始接受有关专利的电子申请，到1996年，67%的专利申请是通过网上提交的，另外有29%的专利申请是以软盘的形式提交的，只有4%的申请文件是以传统的纸介质方式提交的 。韩国已经着手进行通过互联网申请专利的试验。美国、日本、欧洲三个专利局正在进行通过互联网联机申请专利的准备，并把实现专利文献无纸化作为今后发展的方向。
在1998年11月23日至27日WIPO召开的特别顾问会上，提出可能采取的8种专利电子申请的模式，供研究讨论 。
以电子申请形式获得专利权、商标权，从其实质内容来看，是获得知识产权的一种新途径，也可以看作是一种电子商务，一种特殊的电子商务。
正是由于电子商务与知识产权保护存在上述密切的联系，我们在进行电子商务立法的时候必然会想到知识产权保护，涉及到对知识产权法的相应修改。而在我们对知识产权法进行修改时，也应同时考虑到电子商务立法的要求。
