电子认证的具体操作程序为：发件人在做数字签名前，签署者必须将他的公共密钥送到一个经合法注册，具有从事数字证书电子认证服务许可证的第三方，即CA认证中心，登记并由该认证中心签发电子印鉴证明(Certificate)。尔后，发件人将电子签名文件同电子印章证明一并发送给对方，收件方经由电子印鉴佐证及电子签名的验证，即可确信电子签名文件的真实性和可信性。由此可见，在电子文件环境中，CA认证中心扮演的角色与上述传统书面文件签字(盖章)环境中的第三者(户政事务所)的角色有异曲同工之妙。
CA认证中心正起到一个行使具有权威性公证的第三人的作用。而经CA认证机关颁发的电子印鉴证明就是证明两者之间的对应关系的一个电子资料，该资料指明及确认使用者名称及其公共密钥。使用者从公开地方取得证明后，只要查验证明书内容确实是由CA机关所发，即可推断证明书内的PKI公开密钥确实为该证明书内相对应的使用者本人所拥有。如此，该公共密钥持有人无法否认与之相对应的该密钥PKI为他所有，进而亦无法否认经该密钥所验证通过的电子签名不为他所签署。
电子认证的目的就是通过CA机关对公共密钥进行辨别和认证(包括跨国认证)以防止或减少因密钥的丢失、损毁或解密等原因造成电子文件环境交易的不确定因素及不安全性风险。同时，数字认证系统 、身份认证系统 、电子工作证产品 、天印电子签章系统 、机要文件防泄密系统认证证明书还能佐证密钥申请人的资信状况。
