征管方式
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。
清算条件
纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算。
(一)房地产开发项目全部竣工、完成销售的;
(二)整体转让未竣工决算房地产开发项目的;
(三)直接转让土地使用权的。
对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。
(一)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;
(二)取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;
(三)纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;
(四)省(自治区、直辖市、计划单列市)税务机关规定的其他情况。
对前款所列第(三)项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。
清算期限
对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合第二种清算条件，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算;对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。
应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。
