由于运费在货物销售费用中占有一定的比重，因此企业有必要对其进行筹划，从而达到有效节税的目的。
例如，某城市甲企业为增值税一般纳税人（产品适用增值税税率17%），2006年2月21日购入一批货物，不含税价格为400万元，进项税额68万元，2006年3月11日，该企业和乙公司签定销售协议，协议规定该批货物出厂销售价格440万元（不含税），采取送货制，甲企业雇佣丙运输公司的车辆运送该批货物到达乙方，另外计算运费11.7万元，到达目的地的价税及运费总价款526.5万元，货物已发出，货款已收到（为了分析简便，假设甲企业期初进项税额为0，本月无其他进项税）。
方案一：由甲企业给乙企业开具运费收据
甲企业在销售时，以销售价格440万元（不含税）开具增值税发票，销项税额74.8万元，运费11.7万元，由甲企业给乙方开具收款收据，通过其他应收款收回。
按税法规定，甲企业在计算缴纳增值税税金时，销售额是指纳税人销售货物或者提供应税劳务向购买方（承受应税劳务也视为购买方）收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。价外费用（实质价外收入）是指向购买方收取的手续费、补贴、基金、返还利润、奖励费、违约金（延期付款利息）、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费、代收款项、代垫款项及其他性质的价外收费。凡随同销售货物或者提供应税劳务，向购买方收取的全部价款和价外费用，无论其会计制度如何核算，均应并入销售额计算应纳税额。因为根据税法规定，各种性质的价外收费都要并入销售额计算纳税，目的是防止以各种名目的收费减少销售额逃避纳税现象。
因此甲企业纳税情况计算如下：
增值税销项税额=440×17% 11.7/1.17×17%=76.5（万元）
增值税进项税额=68（万元）
应纳增值税=76.5－68=8.5（万元）
销售税金及附加=8.5×（7% 3%）=0.85（万元）
增值税税负率=8.5÷526.5/1.17=1.89%
主营业务利润额=440-400-0.85-11.7/1.17×17%=37.45（万元）
方案二：由运输公司给销货方开具发票
甲企业在销售时，把销售价格440万元（不含税）和运费11.7万元一并开具增值税发票，销项税额为：（440 11.7/1.17）×17%=76.5（万元）；运费11.7万元由丙运输公司给甲方开具运费发票，这时按规定甲企业运费可以按7%抵扣进项税额，但税法规定随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。
应当注意甲企业取得的运费发票自开票之日起90天内向主管税务机关申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣，申报时应填报《增值税运输发票抵扣清单》纸质文件及电子信息，未报送的其进项税额不得抵扣。此外，按规定国家税务局将对增值税一般纳税人申请抵扣的所有运输发票与营业税纳税人开具的货物运输发票进行比对，凡比对不符的，一律不予抵扣，对比对异常情况进行检查，并对违反有关法律法规开具或取得运输发票的单位进行处罚。（国税发[2003]120文件《国家税务总局关于加强货物运输业税收管理及运输发票增值税抵扣管理的公告》对此作出了具体规定。）
因此甲企业纳税情况计算如下：
增值税销项税额=（440 11.7/1.17）×17%=76.5（万元）
增值税进项税额=68 11.7×7%=68.819（万元）
应纳增值税=76.5－68.819=7.681（万元）
销售税金及附加=7.681×（7% 3%）=0.7681（万元）
增值税税负率=7.681÷（440 11.7/1.17）=1.71%
主营业务利润额=440 11.7/1.17-400-11.7×（1-7%）-0.7681=38.3509（万元）。
方案三：由运输公司给购货方开具运费发票
甲企业在销售时，以销售价格440万元（不含税）开具增值税发票，销项税额74.8万元；运费11.7万元，由丙运输公司给乙方开具运费发票，甲企业把运费发票转交给乙方。但是，按税法规定必须符合代垫运费的条件：⑴。承运者的运费发票开具给购货方的；⑵。纳税人将该项发票转交给购货方的。
因此甲企业纳税情况计算如下：
增值税销项税额=440×17%=74.8（万元）
增值税进项税额=68（万元）
应纳增值税=74.8－68=6.8（万元）
销售税金及附加=6.8×（7% 3%）=0.68（万元）
增值税税负率=6.8÷440=1.55%
主营业务利润额=440-400-0.68=39.32（万元）。
纳税方案效果比较
方案二比方案一少缴增值税8.5-7.681=0.819（万元），少纳销售税金及附加0.85-0.7681=0.0819（万元），货物销售利润额增加38.3509-37.45=0.9009（万元），因此方案二优于方案一。
方案三比方案二少缴增值税7.681-6.8=0.881（万元），少纳销售税金及附加0.7681-0.68=0.0881（万元），货物销售利润额增加39.32-38.3509=0.9691（万元），方案三优于方案二。
通过以上比较，方案三为最佳方案。
