在日常的纳税检查中，发现一些出口企业在“免、抵、退”税方面存在不少问题，为此，对常见问题进行了归纳。
一、增值税专用发票(抵扣联)和农产品收购发票的有效性和真实性。出口企业取得的防伪税控系统开具的增值税专用发票(抵扣联)必须由主管征税机关认证，才能作为抵扣和退税的有效合法凭证。自2003年3月1日起，企业取得的上述专用发票(抵扣联)必须在90日内认证完毕，且当月认证须当月抵扣，不得提前或滞后，为此，应注意检查专用发票(抵扣联)的认证结果，以保证其真实、合法、有效。同时，对于以农产品为原材料进行生产加工的出口企业，由于可以自行开具收购发票抵扣税额或办理退税，难免为不法分子提供了偷税、骗税的可乘之机，因此，应注意加强对农产品收购环节的检查，以保证收购发票的真实性，防止骗取出口退税。
二、进料加工复出口业务申报进口额的准确性。大部分企业进料加工的计算方法实行的是“购进法”，在征税率和退税率有差异的情况下，进口额可以抵减按出口额计算的进项税额转出数，重复申报进口额会减少进项税额转出数，增加期末抵税额，从而多计算退税，为此，应注意检查进口原材料的申报情况，以保证出口退税的准确性。
三、《来料加工免税证明》开具和核销的真实性。来料加工复出口货物免征增值税和消费税，因此，必须注意对《来料加工免税证明》的检查，特别是来料加工货物出口后，须提供出口报关单和收汇证明，逾期未核销的要补缴税额并加收滞纳金。同时，还应注意来料加工免税证明的使用与实际业务是否相符，加工成品的数量与合同是否一致，有无将原材料和成品内销进行偷税的行为。
