个人所得税 法第八条明文规定：个人所得税，以所得人为]纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。同时此笔扣缴税款也向扣缴义务人居住地或机构所在地主管税务机关进行扣缴申报入库，大致可以理解为“谁付钱，谁扣税，谁处纳”，从征税成本及征税效率来考量，无疑源泉扣缴是个相当科学的征税方式。
但某些特殊情况下，却对源泉扣缴予以了变通，以下介绍几种特殊的个人所得税扣缴方式。
1、军队个税扣缴方式，根据财政部、国家税务总局关于军队干部工资薪金收入征收个人所得税的通知财税字【1996】14号)规定：鉴于军队的特殊情况，其税款由部队按法规向个人扣收，尔后逐级上交总后勤部，并于1月7日和7月7日之前，每年两次统一向国家税务总局直属征收局缴纳，同时提供各省(含计划单列市和4个省会城市)的纳税人数和税额，由国家税务总局每年一次返回各地。也就是说军队的个税征收采取了“谁付钱，谁扣税，”但却是汇总缴纳后再通过财政转移支付方式转拨各地。
2、个人转让非上市股权，根据《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函【2009】285号)第三条规定：个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关，纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续，也即不是在扣缴义务人机构或居住所在地入库，此举是从实际出发的变通之举，举例：居住在上海的张某将南通某有限公司股权转让给居住在南京的王某，则王某作为扣缴义务人不必向南京地税局申报扣缴，而应向南通地税局申报扣缴。
之所以如此，是因为个人股权变更势必体现在被投资企业会计帐务处理上，且股权变更一般需要在被投资企业所在地办理工商变更登记，从便于税源管理角度，税款缴入发生股权变更企业所在地有利于当地税务机关加强此一税种管理。
3、拍卖所得，根据《国家税务总局关于加强和规范个人取得拍卖收入征收个人所得税有关问题的通知》(国税发【2007】38号)规定：个人财产拍卖所得应纳的个人所得税税款，由拍卖单位负责代扣代缴，并按规定向拍卖单位所在地主管税务机关办理纳税申报，我们知道拍卖所得其实支付人是竞价购入者，但税法规定由拍卖单位代扣代缴，其实和股权转让所得采取的征收方式类似，均是从便于税款征收角度考虑的。[page]
4、住房转让所得，根据《国家税务总局关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知》(国税发【2006】108号)规定，个人出售住房所应缴纳的个人所得税税款，应在办理产权过户手续前，以纳税保证金形式向当地主管税务机关缴纳，尔后根据是否重新购房等情况予以退税或缴入国库。由此可见，个人住房转让所得也不需要源泉扣缴，采取这种方式主要是因为我国住房产权交易市场的规范化运作，个人出售住房必须先完税才可以办理产权变更手续。
5、个人评估增值非货币性资产对外投资，根据《国家税务总局关于资产评估增值计征个人所得税问题的通知》(国税发【2008】115号)规定：个人股东从被投资企业取得的、以企业资产评估增值转增个人股本的部分，属于企业对个人股东股息、红利性质的分配，按照“利息、股息、红利所得”[项目计征个人所得税，税款由企业在转增个人股本时代扣代缴;个人以评估增值的非货币性资产对外投资取得股权的，对个人取得相应股权价值高于该资产原值的部分，属于个人所得，按照“财产转让所得”项目计征个人所得税，税款由被投资企业在个人取得股权时代扣代缴。
我们注意到，虽然上述所得要求由扣缴义务人代扣代缴，但却存在一个很大的问题，即非货币性资产评估增值并不体现为现金的流入，硬性规定由被投资企业自已取出现金用于代扣缴税款，显然加重了扣缴义务人的负担，如果评估增值数额巨大，且企业资金流紧张，那么这笔个人所得税如何扣缴?是个需要明确的问题。
综上所述，可以发现在个人所得税扣缴义务人这一问题上并不是千篇一律由支付所得的人扣缴税款，也不是必须在支付所得者机构所在地或居住地缴纳所扣税款，而是根据征收效率原则作出规定，以保证国家税款的及时足额缴纳。
