《通知》明确规定，对企业自行开发生产的计算机软件产品按17％的法定税率征收后，实际税负超过6％的部分实行增值税即征即退；对小规模纳税人生产销售计算机软件按6％的征收率计算缴纳增值税；对经过国家版权局注册登记的计算机软件产品，在销售时一并转让著作权、所有权的，征营业税，不征收增值税；
对软件开发企业实际发放的工资总额，在计算纳税所得额时准予扣除。
对单位和个人从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，经省级科技主管部门认定和省级税务机关核准，免征营业税。
外国企业和外籍个人从境外向中国境内转让技术的，在报经省级税务机关审核和国家税务总局批准后，免征营业税。
对企业单位、事业单位、社会团体、个人和个体工商户，资助非企业所属或投资的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费，经主管税务机关审核确定，其资助支出可以全额在当年度应纳税所得额中扣除。当年度应纳税所得额不足抵扣的，不得结转抵扣。对外商投资企业和外国企业提供资助的，则按《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》中有关捐赠的税务处理办法，在资助企业计算应纳税所得额时全额扣除。
对企业为生产《国家高新技术产品目录》的产品而进口所需的自用设备及按合同随设备进口的技术及配套件、备件，除按国发[1997]37号文件规定《国内投资项目不予免税的进口商品目录》所列商品外，免征关税和进口环节增值税。企业引进属于《国家高新技术产品目录》所列的先进技术，按合同规定向境外支付的软件费，免征关税和进口环节增值税。对列入科技部、外经贸部《中国高新技术商品出口目录》的出口产品，在产品出口后，经国家税务总局核准，凡出口退税率末达到征税率的，可按征税率退税。
对中央直属以及省、地（市）所属的科研机构转制后，自1999年～2003年的5年内，免征企业所得税和科研开发自用土地的城镇土地使用税。
《通知》自1999年10月1日起开始执行。《通知》的下发执行，将会有利于引导企业的技术进步和产品升级，对推动我国高新技术向产业化发展发挥积极作用。
