根据《税收征收管理法实施细则》第八十五条之规定，税务机关应当建立科学的检查制度，统筹安排检查工作，严格控制对纳税人、扣缴义务人的检查次数。税务机关应当制定合理的税务稽查工作规程，负责选案、检查、审理、执行的人员的职责应当明确，并相互分离、相互制约，规范选案程序和检查行为。具体的税务检查工作办法由国家税务总局制定。
(1)专业化分工和制约原则
专业化分工和制约原则既是社会化大生产的要求，也是税收工作发展对税务稽查工作的要求。第一，社会生产的发展，计算机等现代信息技术的广泛采用，要求对以手工操作为基础的缺乏分工的传统税务稽查进行改革。第二，实行新的税收征管模式后，税务稽查成为税务机关对纳税人、扣缴义务人的主要监控手段。这就要求税务稽查工作效率的提高;要提工作效率，就必须实行专业化。第三，新的税务稽查形势要求专业化分工基础上的制约。随着税收征管模式的推行，税务机关征管工作的重心必然向稽查转移。税务稽查权就显得比较突出。然而，任何一种权力必须置于被监督、受制约的状态中。实行选案、实施、审理、执行专业化分工的税务稽查就能较好地解决稽查权力过于集中与需要制约的矛盾。
(2)以 事实为根据，以税收法律、法规、规章为准绳的原则
根据这项原则，税务稽查工作一方面必须实事求是，一切从实际出发，也就是稽查检查工作应从纳税人、扣缴义务人履行纳税义务，代扣代缴或者代收代缴的实际情况出发，实是求是地处理，必须查明事实真相，做到事实清楚，证据确实充分，数据翔实准确、资料齐全;另一方面，必须有法可依、有法必依、执法必严、违法必究。所谓有法必依，对税务稽查工作来说就是不折不扣地按税收法律、法规、规章的规定办事，有法不依等于无法。而执法必严是社会主义法制权威性的要求。对于稽查工作来说，这几方面同样重要，要求严肃、认真。
(3)群众路线原则
税务稽查必须依靠人民群众，加强与司法机关及其他有关部门的联系和配合。
①部门配合形式应多样化。税务机关与公、检、法等部门机关的配合已有一定的形式，但还应探讨一些新的形式，如设立专门的税务警察等。同时要加强与有关经济管理监督部门的配合，如部门信息联网，强化收入扣缴制度，建立起覆盖面广、反应迅速的监控网络。
②强化社会监督，应充分发挥纳税人的会计师的监督功能，务必使企业有账可查，而且账实相符。同时加强社会舆论宣传，不断开展税法宣传，传播税收法规等相关知识，对查处的大案、要案公开曝光，发挥案件惩戒作用。来自于人民群众的协税护税精神，应采取积极主动的态度，必要时，采取一些具体形式，如奖励制度，充分发挥人民群众协税护税的积极性。
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