经与海南省人民政府协商，《琼州海峡轮渡运输管理规定》（省政府1996年1月11日以粤府〔1996〕3号文发布）作如下修改：
1.第四条修改为：“广东省和海南省分别设立琼州海峡轮渡运输管理办公室（以下简称海峡办）。履行以下职责：
（一）负责贯彻实施两省人民政府以及两省交通行政主管部门颁布的有关琼州海峡轮渡运输管理的行政规章、规范性文件；
（二）负责琼州海峡轮渡运输运力投放的管理，受理本省水路运输企业、单位要求经营海峡轮渡运输的申请，并签署初审意见上报省交通行政主管部门审批；
（三）协调、处理港航之间从事琼州海峡轮渡运输中的纠纷；
（四）定期公布海峡轮渡调度班期，组织、指导港航企业做好车船衔接、疏运工作，维护海峡运输秩序。“
2.在第八条后面增加一条，作为第九条：“海峡办根据两省交通行政主管部门的委托，依法查处违反海峡运输市场管理规定的行为。”
3.第九条改为第十条，修改为：“违反本规定，擅自从事琼州海峡轮渡运输的，责令其停止违法营运，处以1万元以上3万元以下的罚款。”
4.第十条改为第十一条，修改为：“港埠企业不按照海峡办拟定班期和调度原则安排泊位的，处以2000元罚款。船舶不服从调度管理的，对其所有人或者经营人处以2000元的罚款。”
5.第十一条改为第十二条，修改为：“船舶和港埠企业及其工作人员有乱收费、敲诈勒索司机、货主、旅客行为的，责令其退还违法所得，对船舶所有人或者经营人、港埠企业处以2000元罚款；对行为人和岗位负责人分别处以违法所得3倍的罚款。”
6.第十二条改为第十三条，修改为：“港埠企业不使用统一票据的，收缴该票据，处以违法所得3倍的罚款；不实行旅客一票过海规定的，责令其立即纠正，处以违法所得3倍的罚款。”
7.第十三条改为第十条，修改为：“船舶在年度内受到3次罚款的，责令其停业整顿；停业整顿时间不超过60日。”
8.删去原第十四条。
9.第十五条修改为：“实施罚款最高不得超过3万元，并必须开具财政部门统一印制的罚款收据，写明违章事项和违章处罚通知书编号，由执行人员签名并加盖执行单位印章。否则，被处罚人有权拒付罚款。
罚款按照规定上缴财政。“
