一、行政诉讼撤诉存在的主要问题及原因
我国的《行政诉讼法》中对撤诉审查准许制度予以了确定，其本质是对撤诉制度的限制。从立法与具体的执法过程来看，主要存在以下几个方面的问题：
(一)限制撤诉制度存在的主要问题
部分学者在研究的过程中对这个问题持批评态度，认为撤诉是原告自主的选择，是其对自身的处分，人民法院没有权利予以干涉，更加不需要通过人民法院的许可，这是由司法的被动性及中立性决定的。其主要原因有三：
其一，限制撤诉制度与诉讼自由处分原则相违背。处分原则认为“当事人自己决定是否起诉、何时以何种方式、针对何种内容、范围和何人进行起诉” 这些内容可以由当事人自身来决定，国家没有权利干涉。这也就是法院在诉讼过程中表现出的被动性。只要这个处分对国家、集体和他人的利益不造成损害则不应该加以干预。
其二，限制撤诉制度与司法中立原则相违背。根据普通法系，司法中立以及司法公正是建立在其被动性基础之上的。所以，诉讼程序的启动和终结对应该由诉讼程序启动者——原告来决定的，而不是法院。而审判过程中所形成由原告、被告、法官构成的三角形结构会因为撤诉制度的限制而被踏破，直接赋予了法院撤诉的审查与决定权，法官成为了整个司法程序的主宰，尤为司法中立、公正的原则。
其三，限制撤诉制度不能实现立法目标。限制撤诉的主要目的是避免出现监督虚化，以达到保护国家、集体和他人利益的目的。但是，在实施的过程中将如此多的责任附加给原告，确实有失偏颇。即使法院不批准撤诉，原告和被告依然可以不参加诉讼，这时法院开庭后将出现既没有被告，也没有原告的局面。
(二)导致撤诉制度问题的主要原因
导致行政诉讼撤诉制度与其现实实施相冲突的主要原因是因为其不但缺乏具体的行政诉讼制度，同时也是由于传统法律文化导致人们观念上的落后，不能很好的适应法律环境的变化。这主要体现在传统法律文化与行政体制的影响两个方面：
传统法律文化影响方面，公民权利与法院行政权利不能形成根本的抗衡，且官本位思想难以完全清除，导致以法院为代表的司法机关在执法过程中不能与被告平等的参与到执法环节当中，法律的权威性主要是通过“权”的力量来执行的，“法大或者权大”的问题依然存在。在这种执法背景之下，公民权力与法院行政权利的平等抗衡还较为遥远。
二、完善行政诉讼撤诉制度的对策和建议
(一)优化行政诉讼的政治、法律、文化环境
作为民主政治的产物，行政诉讼的实施必然会受到包括历史、文化传统、社会法律意识以及政治体制等多个方面的影响。必然，撤诉制度必然也会受到对应的影响。在撤诉过程中，应该充分发挥撤诉制度的基本功能，抑制由于非正常撤诉而导致的问题。这首先要求从行政诉讼的法律环境着手，通过开展法律知识普及教育，树立其公民的法律信仰。让法律的公正性、原则性以及法律意识深入人心，将之从客观的规范标准转化成为主观的主动行为，最终达到立法的价值导向以及立法精神，实现整体社会法律意识的提高，这也是所有法律实施的最根本保障与实施的最终目的。
(二)实施撤诉制度的改革
在设计行政撤诉制度时，应该以司法中立以及维护当事人诉权处分权作为基本原则，以此为基础进行撤诉制度的设计。当然，改革过程也必须以此为基础进行。
首先，适当限制法院的撤诉审批权，确定法院所具有的撤诉审批只属于形式审查，只是针对撤诉的主体、方式、时间等进行审核，确保整个撤诉程序公正。当被告对撤诉请求存在异议时，法院则应该予以正式审查。
其次，对裁定书的形式进行规范，当前对法院针对撤诉是采取口头形式还是书面形式都没有详细的规定，没有规定何种情形适应何种形式。基于此，可以要求法院作出审批裁定时一律采用书面裁定的方式。
再次，赋予被告以不接受撤诉裁定的上诉权力。在原告要求撤诉时，完全可以采取对法院不允许撤诉的裁定予以忽略的方式，而被告却存在面对司法执行的风险。而当前对于上诉的裁定没有包含与撤诉相关的裁定，由于诉权是当事人的实体权，且诉权处分权是当事人的重要处分权，法律设计过程中应该设计包含充分的救济，保证被告亦拥有要求法院不予撤诉裁定的上诉权。
(三)对其他相关诉讼程序进行改革
杜绝非正常撤诉现象的出现还需要从除了撤诉制度以外的其他相关法律制度范围内搜寻答案。
首先，可以通过建立行政诉讼调解制度。虽然行政法律规定行政类案件不适于调解，但是在具体的法律实践过程中，调解方式却广泛的应用在行政案件当中，这体现了行政司法实践对调解制度的要求。
其次，控制诉讼成本。诉讼功能的发挥与诉讼成本的高低直接相关。当成本过高时，当事人将直接选择成本相对较低的诉讼方式。尤其是涉及到审理方式、审理期限以及审理周期等隐性成本时，相关的诉讼法律制度应该予以详细规定。
再次，强化执法效果。行政诉讼执法效果低的问题严重损害着行政审判制度的权威性及人们对法律的信心。为了提高执法效果，可以通过制定《执行法》的方式，由专门机构予以执行，形成符合中国国情的法律执行监督体系。
