行政管辖权的冲突是行政领域中经常发生的现象，对于行政管辖权的冲突，我们现有的规定通常是：先由行政管辖权冲突的双方协商解决，协商不成的，由其共同的上级行政机关指定管辖。根据现有法律规定和行政实践，行政管辖权的冲突类型主要有：
1.同级不同职能的行政主体之间的行政管辖权冲突。如关于音像制品的管理，如涉及到非法出版的音像制品由文化部门管理，但如果是淫秽的音像制品则由公安部门管理。如果文化部门查处了淫秽的音像制品，则与公安部门在音像制品管理上发生了管辖权的冲突。类似这种行政管辖权的冲突，在工商部门和质量技术监督部门因产品质量的管理问题上也时有发生。
2.同级同职能的行政主体之间的行政管辖权冲突。这种行政管辖权的冲突原因主要是：因行政事务涉及到两个以上的行政区域，使这两个行政区域中对此行政事务都有法律上管辖权的行政主体或者都行使行政管辖权，或者都不行使行政管辖权。如在河南省与山东省交界的河南省台前县与山东省的阳谷县，由于行政区划的多次变动、两地居民私下变更土地承包权等种种原因，造成这里土地归属与使用混杂不清、“你中有我、我中有你”的混乱局面，往往是河南人在山东办企业，山东人在河南厂子。对两地的小造纸企业的污染查处，台前县和阳谷县的环境保护部门都有行政管辖权。如果两县的环保部门都想管，或者都不想管，则构成了行政管辖权冲突。
3.不同级同职能的行政主体之间的行政管辖权冲突。行政主体以层级制作为行使行政权的基本方式，但这种层级制的运转必须以行政主体上下级之间作必要的分工为前提。如对省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。而在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可由市、县人民政府批准。如国务院就已批准的农用地转用范围内的具体建设项目用地作出审批，则构成了不同级同职能的行政主体之间的行政管辖权冲突。
4.不同级不同职能的行政主体之间的行政管辖权冲突。这类行政管辖权的冲突并不多见。如衡水市枣强县电力局因不服衡水市工商行政管理局作出的处罚决定，于2000年8月4日向衡水市人民政府申请行政复议。衡水市人民政府以被申请人未在法定期限内提交《复议答辩书》和有关证据材料，作出了撤销了此处罚决定。衡水市工商行政管理局之所以不答辩、不提交有关证据材料，这因为它认为根据《国务院批转国家工商行政管理局体制改革方案的通知》和国家工商行政管理局《关于行政复议案件管辖权问题的答复》，认为工商行政管理局省级以下实行垂直领导体制后，省级以下人民政府对工商行政管理局的具体行政行为不具有行政复议的管管辖权，因此，它在2000年8月11日向衡水市人民政府提交了行政复议案件管辖权异议。这是一种比较典型的不同级不同职能的行政主体之间的行政管辖权冲突，但在行政实践中并不多见。
