行政诉讼的被告不是行政机关的工作人员，而是行政机关本身。被告确认中一个独立设立的行政机关，可能下设四个机构。在宪法语境下机构大于机关，但在行政法语境下，机关大于机构。一个依法设立的具有行政主体资格的行政机关，必然会有其内设机构——二级机构，部下的司局，局下的处或科(乡镇政府的股不具有对外作出行政行为的主体资格。
换言之，行政行为适格主体的下限是 “县局”和乡镇政府)。有可能设的三个机构是派出机构、临时性机构和组建的机构。这四大机构的被告资格问题关键是看单行法对其有无授权。有法律、法规、规章授权的，该机构是被告，无法定授权的，该机关是被告。
税务行政诉讼的被告一般按照下列方式确定：
(1)公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出具体行政行为的行政机关是被告。
(2)经复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为的，作出原具体行政行为的行政机关是被告;复议机关改变原具体行政行为的，复议机关是被告。
(3)两个以上行政机关作出同一具体行政行为的，共同作出具体行政行为的行政机关是共同被告。
(4)由法律、法规授权的组织所作的具体行政行为，该组织是被告。由行政机关委托的组织所作的具体行政行为，委托的行政机关是被告。
(5)行政机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关是被告。
税务行政诉讼被告的特殊规定包括：
(1)当事人不服经上级行政机关批准的具体行政行为，向人民法院提起诉讼的，应当以在对外发生法律效力的文书上署名的机关为被告。
(2)行政机关组建并赋予行政管理职能但不具有独立承担法律责任能力的机构，以自己的名义作出具体行政行为，当事人不服提起诉讼的，应当以组建该机构的行政机关为被告。
(3)行政机关的内设机构或者派出机构在没有法律、法规或者规章授权的情况下，以自己的名义作出具体行政行为，当事人不服提起诉讼的，应当以该行政机关为被告。
(4)法律、法规或者规章授权行使行政职权的行政机关内设机构、派出机构或者其他组织，超出法定授权范围实施行政行为，当事人不服提起诉讼的，应当以实施该行为的机构或者组织为被告。
(5)行政机关在没有法律、法规或者规章规定的情况下，授权其内设机构、派出机构或者其他组织行使行政职权的，应当视为委托。当事人不服提起诉讼的，应当以该行政机关为被告。
