根据中央全面深化改革领导小组审议通过的《关于人民法院推行立案登记制改革的意见》，立案登记制不仅适用于行政诉讼，也适用于民事诉讼、自诉刑事诉讼等。但是，相对于其他诉讼，立案登记制对于行政诉讼有着特殊重要的意义。
首先，行政诉讼是“民告官”的诉讼，双方当事人在实体法律关系中处于不平等的地位，作为行政主体的行政机关或法律、法规授权的组织在行政管理过程中，较易于利用其管理权力、管理手段侵犯作为行政相对人的公民、法人和其他组织的权益。这些被侵权的行政相对人虽然也可以从其他途径获得救济，但行政诉讼是其可能获得的救济中最有效的救济。如果行政诉讼的这扇门向他们关闭，他们就很可能难以获得实际有效的救济。
其次，在司法体制改革尚难在短期内取得长足进展，跨行政区域法院尚难在短期内普遍设置的情况下，地方行政权对法院的影响不可能一下子完全排除。从而法院负责行政诉讼立案的“把门人”不可能在新行政诉讼法一实施就完全不考虑地方当局的任何“关切”（这种“关切”往往通过院长、庭长转致）。如果法院仍采立案审查制，“把门人”很难完全不回应这种“关切”。现在新行政诉讼法将立案审查制改立案登记制，“把门人”要不响应这种“关切”就容易多了，就比较好向地方当局交代和解释，比较好向转致这种“关切”的院长、庭长交代和解释：“对不起，我不能不登记，不能不立案。我不登记、不立案，当事人要告我，我要受处分呀!”
行政案件立案登记流程参照民事案件立案登记流程进行审核和处理，并在审核中重点把握下列问题：
（一）审核行政起诉状
行政诉讼以行政机关为被告，行政起诉状应当记明行政机关的名称、住所等信息；诉状应当记明请求法院保护其合法权益的内容和范围；诉讼请求所根据的事实和理由应当写明行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益的方式、经过和后果，诉讼请求与事实理由之间具有关联性。
（二）审核起诉证据
除审核原、被告的基本身份材料和与起诉事实相关的证据材料外，还应按照《中华人民共和国行政诉讼法》第二章和第三章关于受案范围和管辖的规定对是否属于人民法院受案范围和受诉法院管辖进行审核，并按照《中华人民共和国行政诉讼法》第四十五条、四十六条和四十七条的规定对起诉期限进行审核。
（三）审核受理
1、经审核，起诉符合《中华人民共和国行政诉讼法》第四十九条规定的起诉条件的，应当当场登记立案；
2、经审核，当场难以判定是否符合起诉条件的，应当接收诉状，予以登记，出具收到诉状日期的书面凭证，并在7日内决定是否立案；
3、7日内无法判定是否符合起诉条件的，应当先行立案并将案件移交行政审判庭审理；
4、经审核不符合起诉条件的，作出不予立案的裁定，并载明不予立案的理由。
