对于行政不作为，相对人虽然可以通过行政复议、行政诉讼以及行政赔偿等方式予以纠正或弥补，但是这些毕竟都是事后的补救措施，从而导致行政效率降低、行政资源被浪费，而且对政府形象的破坏。因此，从制度层面上探讨如何从源头上控制行政不作为，从而减少行政不作为的发生，才是治本之策。
(一)构建完善的行政组织法
完善而科学的行政组织法的构建包括三个方面的内容：一是行政权界定科学，在界定行政权的范围时需遵守这样一个原则：行政权的范围要和一国现时的社会状况相符合；二是行政机关配置科学、职责明确。从这个角度业说，我国应对机构设置予以重新论证，力争使其达到最优组合，从而避免因机构职责不清造成的行政不作为；三是加强对法律、法规授权组织的监督。在我国，除了行政机关外，还包括一些法律、法规授权组织，如公立学校等。这些组织虽具有一定的行政职能，但不是行政机关，因此对其行为方式、程序等的要求和监督长期以来未被重视。因此对这类组织具有行政性质的行为，也要和行政机关有同样的要求，首先行使职权的过程要遵守行政程序的要求，以达到公开、透明、公正的目的。
(二)完善公务员制度
“组织是人群行为”的概念是美国政治学的一个新学派(行为主义)提出来的。组织不仅是一个结构，使组织发挥作用的归根结底是人，而不是结构。因此保持公务员的勤政高效无疑是控制行政不作为的抽薪之策。公务员制度完善包括以下几个方面：
1、考选制。即非领导职务公务员在录用时实行“凡进必考”制，少数职位、人员可以例外，但有严格法定条件加以限制。这一点已经得到了《公务员法》的肯定和认可。但是，从实际情况来看，考选制尚需进一步完善。比如，在考试成绩上应注重笔试，尽量减少人为因素，等这一制度渐趋成熟后，再逐步扩大面试比重。再如，要加强对考试的监督，并应建立不服考试处理决定的申诉制度。
2、考核制。即对公务员从德、能、勤、绩诸方面加以评价和督促。行政管理工作的多样性，使对公务员的考核难以形成统一的标准。这需要行政机关针对本部门的工作特点在实践中积极探索适合本部门的考核机制。例如实行工作量化制，将可以量化的工作尽量量化到人，这样不仅功过分明，便于考核，而且在行政机关内部打破大锅饭，促使公务员履行自己的职责。
3、培训考试制。公务员队伍中行政能力不足问题较为严重，除了故意行政不作为外，还有大量因公务员知识、业务能力为足等而产生的过失行政不作为。这是长期以来只强调工作而忽视对公务员的培训和考试所致。所以，有必要增加对公务员的培训要求，并形成有约束力的制度。
4、激励与惩戒并举。对于公务员怠于履行职务的行为，要严格责任追究，即加大行政不作为的代价。同时，重视激励的作用。在行政机关日常工作中应注意及时行政及时奖励。
5、首长问责制。根据我国宪法，我国行政机关实行的是首长负责制。首长负责制意味着一个行政机关的首长要承担和其权力相对应的责任。首长问责制主要追究的是行政首长在领导、管理、监督等方面的不力之责，这是我国充分感受到行政不作为的危害后采取的有效措施，由于这一措施把行政不作为与行政首长的前途命运直接挂钩，因此极大加强了行政首长的责任感，是减少行政不作为的有力举措。但总体看，目前的首长问责制仍属于“个案”处理模式，尚未形成一种规范和制度，甚至还称不上是“问责制”。要想让其成为一种制度，还有待理论的跟进，问责主体、被问责对象、问责范围及问责程序等问题都亟待厘清。
(三)完善监督制度
我国历来重视对行政权的监督，也构建了层层叠叠的监督体系，其中法定监督机关包括权力机关、司法机关的外部监督和行政机关的内部监督，其它还有舆论监督、公民监督等。这些监督制度一定程度上制约了行政权力、规范了行政行为，但从现实中行政权的滥用情况看，我们的监督制度还没有起到应有的作用。
但是，在此认为行政监督流于形式、未能发挥作用的根源不在于制度设计的不合理，而在于相关制度、措施没有得到有效的贯彻执行。所以，就监督制度建设而言，当务之急在于完善权力机关、行政机关内部以及社会监督的执行机制，确保监督制度的良性运作。
