行政公益诉讼与一般行政诉讼适用相同的诉讼程序和诉讼原则，但也存在如下区别：
1、一般行政诉讼要求起诉人与案件有直接利害关系，是法律关系的当事人，而行政公益诉讼则不要求有直接的利害关系，不要求是法律关系的当事人。
2、一般行政诉讼的结果是由当事人来承担的，即由原被告双方或者第三人来承担。但行政公益诉讼的原告却可能不承担诉讼的结果。
3、一般行政诉讼是为了自己的利益诉讼，而行政公益诉讼则是为了国家或者社会的公众利益。
4、一般行政诉讼中原告可以相应处分自己的诉讼权利，行政公益诉讼中的原告不能处分诉讼权利，在其提起诉讼后，只能退出诉讼，而不能申请撤回起诉。
5、一般行政诉讼中诉讼是行政行为已经对原告的合法权益造成了侵害。行政公益诉讼具有明显的预防性质，即对公益的损害不需要实际发生，公众利益虽没有受到现实侵害，但只要根据一般理性人的判断，某行政行为在经过一定时间或某条件成就后，就将给社会公益造成实际损害的，公民就可对该不法行为提起行政公益诉讼。
