所谓程序，是指事情进行的先后次序。行政处罚的程序，就是实施行政处罚必须的过程和步骤。根据行政处罚法的规定，环境保护行政处罚的程序，应当包括简易程序、一般程序和听证程序。
(一)简易程序
简易程序是指对公民或者法人和其他组织违法情节轻微，给予一定限额以下罚款或者警告，而当场做出处罚决定所适用的程序。
1、实施简易程序的条件
根据《行政处罚法》第三十三条规定，实施简易程序必须具备三个条件：违法事实确凿处罚有法定依据；罚款限额为对公民处以50元以下、对法人或者其他组织处以1000元以下，或者警告。
2、适用简易程序的步骤
(1)执法人员向当事人出示执法证件；
(2)查明违法事实确凿；
(3)依据有关法律、法规量罚，应当属于当场处罚范围；
(4)告知当事人处罚的事实、理由和依据；
(5)听取当事人的陈述和申辩；
(6)当场做出行政处罚决定并填写预定格式、编有号码的当场处罚决定书。
当场处罚决定书应载明当事人的违法行为，行政处罚依据、罚款数额、交款时限和地点，以及行政机关名称，并由执法人员签名或者盖章。
(7)将处罚决定书当场交付当事人；
(8)告知当事人对当场处罚决定不服时，依法申请行政复议或提起行政诉讼的权力和途径；
(9)对于应当给予20元以下罚款或不当场收缴罚款事后难以执行的，执法人员可以当场收缴罚款，并出具财政部门制发的罚款收据。
除上述情况外，执法人员不得自行收缴罚款，而应要求当事人在十五日内到指定银行交款。
(10)当场收缴的罚款，应在两日内交至所属执法机关，执法机关应在两日内交付指定银行。
(11)将当场处罚决定事项报所属执法机关备案。
3、实施简易程序的意义
在当前环境执法任务量大面广，特别是情节轻微的环境违法行为又十分普遍的情况下，适用简易程序，使其操作简便，可以提高执法效率，节省执法成本，并适应行政执法的特征，有利于处罚的实施。此外，由于有些环境违法行为具有瞬时性，污染物排放具有不规则性，非当场处罚，事后则难以处罚，因而规定简易程序也是十分必要的。
尽管简易程序操作简便，但它仍是执法机关代表国家的一种执法行为，当场处罚决定同样具有权威性和强制力。因此，执法人员必须严格按程序操作，不能随意超越步骤，当事人也必须依法履行。
(二)一般程序
与简易程序相对应，一般程序适用于当场处罚以外的所有行政处罚。因此，一般
程序的规定也更为严格，操作也比较复杂。 [page]
1、适用一般程序的具体步骤
(1)执法机构对于发现或受理的违法行为进行初步审查，确定属于适用一般程度范围；
(2)立案，填写立案登记表并履行立案审批；
(3)确定两人以上调查小组，需要回避的人员应当依法回避；
(4)执法人员佩带执法证章，并向当事人和被调查人出示执法证件；
(5)开展全面、客观、公正的调查。主要方式为询问当事人和证人。有多个当事人或证人时，应个别进行询问。询问应当场制作笔录。笔录须经当事人和证人阅核签名。当事人或证人拒签的，应当在笔录中说明；
(6)收集证据。可以采取抽样取证的方法，并根据需要在现场进行记录、录音、录相、拍照、采样和查阅、复印、摘抄有关资料，以及委托具有法定资格的单位进行技术鉴定；
(7)分析调查情况、编写调查报告，提出处理建议；
(8)告知当事人违法事实，处罚的理由和依据，以及当事人依法享有的权利，并听取当事人的陈述和申辩；
(9)需要听证时，执行听证程序；
(10)执法机构负责人对调查结果进行审查，并依据不同情况分别作出决定。其中，对应受处罚的违法行为，做出处罚决定；对违法行为轻微，依法可以不予处罚的，作出不予处罚决定；对违法事实不能成立的，不应给予处罚；对违法行为已构成犯罪的，移送当地司法机关；
(11)制作行政处罚决定书。应当载明当事人的情况、违法事实和证据、处罚种类和依据、处罚履行方式和期限，不服行政处罚决定申请复议或提起诉讼的途径和期限，以及执法机关名称和日期，并加盖印章；
(12)送达处罚决定书。可以在宣告后当场交付当事人或者在七日内按行政处罚法规定送达当事人，并由当事人在送达回证上签名盖章。其中，当事人不在的，可交由其成年家属签收。是单位法人的，可由其他负责人或传达人员签收。另外，还可以通过挂号邮寄送达，挂号回执注明的收件日期，即为送达日期。如果当事人或代理人拒绝签收，送达人应邀请有关见证人到场，说明情况，将处罚决定书留在当事人的住所，并在送达回执上记明拒收事由和日期，由送达人和见证人签名，即视为送达，这就叫留置送达；
(13)对于重大违法行为及其处罚决定报上级主管部门备案；
(14)处罚履行完毕后，进行结案，整理案卷资料并归档。
2、适用一般程序应当注意的问题
(1)调查、取证是一般程序的首要环节，事前应当制定行动方案、调查过程必须细心、全面，不能粗心、马虎；取证必须客观、公正，不能带有主观偏见；笔录应当如实、详细，不能随便添加内容，改变当事人和证人说话的原意。同时，对涉及技术秘密和商业秘密的，必须为当事人保密。如有泄密，将要负法律责任。 [page]
(2)根据调查情况做出处理决定是一般程序的关键环节。要求执法机关负责人必须对调查结果进行严格审查，发现有遗漏问题时，应当责成调查人员进行补充调查。作出处理决定时，必须坚持以事实为依据，以法律为准绳，并充分考虑当事人陈述和申辩的理由。严格掌握好给予处罚、不予处罚、不应给予处罚三种处理结果的尺度。
(3)制定并送达《处罚决定通知书》是一般程序的必要环节，决定书可以打印，也可以手写，但是格式和内容必须符合《行政处罚法》的规定。送达方式应以直接送达为主，并且必须要有收件人签名的送达回执。如因路途过远或人力不足等确实需要邮寄时，一定要用邮政挂号，并要有挂号回执单。
(三)听证程序
听证程序实际上是一般程序中间的一个环节，但并不是适用一般程序的案件都要进行听证。只有在实施责令停产、停业、吊销证或执照给予较大数额罚款等行政处罚时，才需要适用听证程序。至于较大数额罚款的具体限额，应当由法律、法规或者规章规定。
1、适用听证程序具体操作步骤
(1)根据执法调查人员提出的处理处罚建议，经执法机关负责人初步审查，确定属于适用听证程序范围；
(2)向当事人发出《听证告知书》，征询是否要求听证。要求听证的，应在执法机关告知后3日内以书面形式提出；
(3)确定听证会时间、地点和主持人，并于7日前通知当事人；
(4)举行听证会。主持人宣布听证开始，介绍参加听证会各方面人员，确定记录人，并告知当事人或委托人有关的权力和义务，询问当事人是否申请主持人回避。当事人认为主持人与本案有直接利害关系的，有权申请回避。执法机关应当根据当事人的申请，更换主持人；
(5)由调查取证人员提出当事人违法的事实、证据和处罚建议；
(6)由听证主持人询问当事人、证人和其他有关人员，并出示有关证据和材料；
(7)由当事人或其委托人进行答辩；
(8)由当事人或其委托人和调查取证人员就与本案有关的事实和法律问题进行辩论；
(9)由当事人或其委托人做最后的陈述；
(10)由主持人征询各方面最后意见；
(11)将听证记录交当事人或其委托人审核后签字或盖章；
(12)由主持人向执法机关负责人汇报听证情况，提交听证记录后，执法机关应按照一般程序的规定做出处理处罚决定。
2、适用听证程序应注意的问题
(1)要求举行听证是当事人的一项法定权利，执法机关不得因为当事人要求听证而加重处罚。
(2)听证主持人应当由执法机构非本案调查取证人员担任。 [page]
(3)听证只是一个再次听取和辩论有关违法事实、证据和法律依据的过程，听证主持人(或者执法机关负责人)不能当场做出处罚决定。
(4)除涉及国家机密、商业秘密或个人隐私外，听证应该公开举行，可以公告并允许公众旁听。
(5)当事人可亲自参加听证，也可以委托一至二人代理。代理必须办理书面委托，并由委托人签名或盖章。
