根据性质、功能、适用事项的不同，首次提请全国人大常委会会议审议的行政许可法草案将行政许可分为普通许可、特许、认可、核准、登记五类，并针对不同许可的特点规定了不同的特别程序。
普通许可是由行政机关确认自然人、法人或者其他组织是否具备从事特定活动的条件。它是运用最广泛的一种行政许可，适用于直接关系国家安全、经济安全、公共利益、人身健康、生命财产安全的事项。普通许可的功能主要是防止危险、保障安全，一般没有数量控制。普通许可事项，行政机关对申请人申请材料的实体内容要进行审查，有的还要实地核查。
特许是由行政机关代表国家向被许可人授予某种权利，主要适用于有限自然资源的开发利用、有限公共资源的配置、直接关系公共利益的垄断性企业的市场准入等。海域使用许可、无线电频率许可是典型的特许。特许的主要功能是分配稀缺资源，一般有数量控制。特许事项，行政机关应当通过招标、拍卖等公平竞争的方式决定是否予以特许。
认可是由行政机关对申请人是否具备特定技能的认定，主要适用于为公众提供服务、直接关系公共利益并且要求具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能的资格、资质。认可的主要功能是提高从业水平或者某种技能、信誉，没有数量限制。认可事项，行政机关一般应当通过考试、考核方式决定是否予以认可。
核准是由行政机关对某些事项是否达到特定技术标准、经济技术规范的判断、确定，主要适用于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备设施的设计、建造、安装和使用，直接关系人身健康、生命财产安全的特定产品、物品的检验、检疫。核准的主要功能是为了防止危险、保险安全，没有数量控制。核准事项，行政机关一般要实地检测、验收。
登记是由行政机关确立个人、企业或者其他组织的特定主体资格。登记的功能主要是确立申请人的市场主体资格，没有数量控制。登记事项，行政机关一般对申请登记的材料只进行形式审查，申请人对申请材料的真实性负责。
