许可程序是指行政机关实施行政许可的步骤、方式、顺序和时限。它是影响行政效率和申请人的一个重要因素;也直接影响相对人权益的得失。行政机关对相对人申请的批准或不批准，关系到相对人能否取得某种权利或资格，能否从事某种活动。从程序上对行政许可进行规范，是保证行政许可公正、合理的前提条件。
现《行政许可法》的出台实施，对行政许可程序做了程序规定，行政许可程序，大致包括以下几个步骤：1、申请与受理;2、审查与决定(颁发或拒绝颁发许可证)，及期限的规定;3、行政许可的变更与延续。
1、申请与受理。
申请是行政机关实施行政许可的前提条件。公民、法人或其它组织(申请人)要取得某项行政许可，首先要向行政机关提出申请。申请书需载明申请人的姓名或组织名称、住址或组织地址、申请许可的内容、理由及相关条件等。申请人向行政机关申请行政许可，除提交申请书以外，法律、法规通常还规定应同时提交有关文件材料，如申请从事食品服务的营业执照，必须同时提交卫生许可证和个人身体健康证。在申请某些附条件许可，即取得某一许可必须以拥有另一许可证为前提时，除提交上述有关文件、材料外，还必须提交作为取得相应许可前提的许可证(前置审批)。如动植物及产品入境时，在向海关申请前必须获得动植物检疫机关的检疫许可，否则海关对此申请不予接受。
行政许可申请的表现方式一般以书面材料提出，也可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出。
行政机关对申请人提出的行政许可申请，应当视其具体情况，分别作出处理。(1)申请事项依法不需要取得行政许可的，应当即时告知申请人不受理;(2)申请事项依法不属于本行政机关职权范围的，应当即时作出不予受理的决定，并告知申请人向其他行政机关申请;(3)申请材料存在可以当场更正的错误的，应当允许申请人当场更正;(4)申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在五日内一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理;(5)申请事项属于本行政机关职权范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照本行政机关的要求提交全部补正申请材料的，应当受理行政许可申请。行政机关受理或者不予受理行政许可申请，应当出具书面凭证，加盖本行政机关专用印章并注明日期。
2、审查与决定(颁发或拒绝颁发许可证)，及期限的规定。
行政许可机关收到申请后，依照法定标准及程序对申请人及申请事项进行全面审查。审查主要包括以下内容：[page]
(1)申请人的资格。申请人必须有行为能力，能够独立承担民事、行政责任。(2)申请书及附录材料。行政许可机关确定申请人符合资格后还须对申请书的形式加以审查，如果认为申请书不规范，有权要求申请人补正或重新申报。(3)申请事项。行政许可机关应确定申请事项是否符合法律规定，是否有明确法律依据、是否具备法定条件等。(4)有关资格的许可还须审查申请人是否通过规定的考试、考核。(5)行政许可机关在书面审查申请合格的基础上，需要对申请材料的实质内容进行核实的，根据法定条件和程序，行政机关应当指派两名以上工作人员进一步进行调查核实(实地考察)。
