一、行政许可案件的赔偿问题
因行政许可给原告合法权益造成损失而赔偿，如此责任完全可归因于行政机关，赔偿问题简单明了。复杂的是，原告的损失是多种原因共同作用的结果，如何确定行政机关的赔偿责任。
《许可规定》主要区分了三种情形：一是被告在实施行政许可过程中，与他人恶意串通共同违法侵犯原告合法权益的，应当承担连带赔偿责任；二是被告与他人违法侵犯原告合法权益的，应当根据其违法行为在损害发生过程和结果中所起作用等因素，确定被告的行政赔偿责任；三是被告已经依照法定程序履行审慎合理的审查职责，因他人行为导致行政许可决定违法的，不承担赔偿责任。
《许可规定》同时明确，在行政许可案件中，当事人请求一并解决有关民事赔偿问题的，人民法院可以合并审理。
二、行政许可案件的补偿问题
行政许可法第8条第2款规定：“行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。”《许可规定》针对该款的落实提供了两方面的具体规则：
1、补偿标准。法律、法规、规章或者规范性文件对变更或者撤回行政许可的补偿标准未作规定的，一般在实际损失范围内确定补偿数额；行政许可属于行政许可法第12条第2项规定情形的，一般按照实际投入的损失确定补偿数额。
2、补偿请求程序。如果公民、法人或者其他组织仅主张行政补偿的，应当先向行政机关提出申请；行政机关在法定期限或者合理期限内不予答复或者对行政机关作出的补偿决定不服的，可以依法提起行政诉讼。
