诚然，与认为行政许可制约经济、社会发展的偏见相反，科学、合理、适度的行政许可作为重要的行政执法方式，正在越来越广泛的领域发挥着作用，成为实现政府宏观调控的重要手段。但与此同时，行政许可因缺乏规范化，法制化，存在问题甚多，甚至成为滋生腐败的缝隙。因此，行政许可亟待规范。其存在的问题主要表现为三个方面：
1行政许可设定：从中央到地方，层层设定行政许可，设定主体模糊不清，缺乏法定性;设定目的不尽正当。有的设定非出于社会公益之需要，而单纯出于行政管理之需要，甚至为谋求不当利益而设定行政许可。设定范围过于宽泛。有的利用行政许可搞垄断、地区封锁、排斥竞争。设定程序缺乏规范性，各行其是。设定文件缺乏统一协调，冲突严重，造成许可条件、标准、程序之间的矛盾。
2行政许可实施：许可主体缺乏法定性;许可权限界定不清，越权许可、无权许可比比皆是;行政许可效率低下，办事拖拉，视许可为“恩赐”;不公开许可条件、标准、程序等与许可申请有关的信息，秘密决定，搞“黑箱式”许可;滥用许可权，非法许可，甚至推行强制许可，从而谋求不正当利益。
3监督机制未真正有效运行，监督力度亟需加强。行政许可领域秩序混乱，与监督系统未能正常发挥作用息息相关。上述问题之普遍存在，不仅使得行政许可的积极作用难以有效发挥，反而致其有碍于统一、开放的市场要素之形成，阻碍公平、合理、公正的竞争，从而阻碍社会主义市场经济体制的确立，成为侵蚀廉政建设和社会公益的病毒。因此只有实现行政许可法制化、规范化，依法设定、实施、监督行政许可，才能使得行政许可顺应法治行政，实现自身价值目标。
