行政复议机关是依法享有行政复议权的行政机关，行政复议机构则是行政复议机关设立的具体办理行政复议事项的工作机构。因此，行政复议机关与行政复议机构的关系是非常密切的。
对外而言，是行政复议机关在受理当事人的行政复议申请，并履行行政复议职责。然而，行政复议机关作为法律上的实体，在实际当中，主要体现为行政首长及其拥有的相应的决定权。而且，行政复议机关无论是人民政府，还是人民政府的所属工作部门，其本身所负职责都不限于行政复议，还有很多其他事务需要它们处理。因此，行政复议机关在行政复议工作方面，必须也只能保留最终的行政复议决定权，而将具体的行政复议事务交由负责行政复议的工作机构办理。可见，行政复议机关履行行政复议责，离不开行政复议机构。
同时，行政复议机构也必须在行政复议机关的权限范围内，按照行政复议机关行政首长的授权，办理有关行政复议事项。行政复议机构作出的所有影响行政复议机关权利义务、产生外部法律后果的行政决定，都要经过行政复议机关的审查和同意。从这点上看，行政复议机关和行政复议机构是一体化的，都是履行行政复议职责的主体。 行政复议机关与行政复议机构的关系十分密切，但是并不能简单地将行政复议机关等同于行政复议机构。行政复议机关与行政复议机构作为两个不同的行政主体，存在显着的差异。
首先，行政复议机关是一个独立的行政机关，享有对外实施行政管理、作出具体行政行为的权力。行政复议机构则是行政复议机关内部的一个工作机构，不能以自己名义对外独立作出具体行政行为。
其次，行政复议是行政复议机关依法履行的职责，行政复议机构只是替行政复议机关办理具体行政复议事项所设立的工作机构，除法律特别授权以外，不能以自己的名义独立进行行政复议活动。
再次，行政复议过程中凡影响案件实体问题的决定，如不予受理决定、行政复议决定，都由行政复议机关作出，行政复议机构只能根据其承办具体事项的职责，提出初步意见，供行政复议机关的行政首长审查决定。对于一些不影响案件实体问题的程序性决定和事务，如受理行政复议申请，向有关单位或者个人进行调查，审查被申请人的具体行政行为，则由行政复议机构负责。
最后，公民、法人或者其他组织对不予受理的决定和行政复议决定以及行政复议机关不履行行政复议职责的行为提起行政诉讼，由行政复议机关作为被告，行政复议机构只是作为行政复议机关的代理人出庭应诉。
